Theo báo cáo của UBND tỉnh Khánh Hòa, tháp Trầm Hương được đưa vào hoạt động từ năm 2008. Đến nay, qua thời gian dài sử dụng, công trình đã xuống cấp, bị thấm; các lớp sơn bong tróc, sắt thép bị hoen gỉ; khu vệ sinh ẩm thấp, cầu thang xuống hầm không đều nhịp, không đảm bảo phục vụ khi du khách đến tháp tham quan, tìm hiểu văn hóa địa phương.
Vì vậy, cần thiết phải cải tạo, sửa chữa, nâng cấp (không thay đổi kết cấu công trình) và bố trí, sắp xếp, trưng bày tại tháp Trầm Hương để đáp ứng mục tiêu là công trình kiến trúc mang tính biểu tượng, là điểm đến mang tính tâm linh, là nơi giới thiệu về lịch sử đấu tranh cách mạng, truyền thống văn hóa của con người, vùng đất Khánh Hòa.
Tầng hầm của tháp Trầm Hương sẽ được cải tạo để đảm bảo an toàn và cải thiện công năng công trình. Tầng trệt sẽ giới thiệu về lịch sử Đảng bộ tỉnh Khánh Hòa, đồng thời trưng bày hình ảnh giới thiệu các đặc trưng tiêu biểu về con người, sản vật gắn với Khánh Hòa như: yến sào, trầm hương, bia chủ quyền quần đảo Trường Sa, lễ hội cầu ngư, Festival Biển…
Tầng 1 sẽ trưng bày, giới thiệu sản phẩm yến sào. Tầng 2 sẽ trưng bày, giới thiệu sản phẩm trầm hương. Tầng 3 sẽ ứng dụng công nghệ 3D để trình chiếu video giới thiệu các sản phẩm đặc trưng của Khánh Hòa. Tầng 4 giữ nguyên là nơi thờ anh linh các anh hùng liệt sĩ đã hy sinh trong các thời kỳ cách mạng.
Bên ngoài tháp Trầm Hương sẽ được nghiên cứu theo hướng cải tạo hiện trạng, cảnh quan và sắp đặt, bố trí, kết nối với các khu vực xung quanh thành một quần thể hài hòa nhằm đa dạng hóa các loại hình tổ chức biểu diễn, trình diễn văn hóa - nghệ thuật tại khu vực Quảng trường 2/4 vào các thời điểm, khung giờ thích hợp để đáp ứng tốt hơn nữa nhu cầu của người dân và du khách…
Dự kiến, tổng kinh phí thực hiện cải tạo, sửa chữa, trưng bày tại tháp Trầm Hương là gần 14,4 tỷ đồng do Công ty TNHH Nhà nước Một thành viên Yến sào Khánh Hòa tài trợ.
