Liên quan đến vụ việc, Tôn Nữ Thanh Thảo (SN 1984) và Lê Thị Quỳnh Trang (SN 1988), cùng ngụ tại địa phương bị khởi tố cùng tội danh và áp dụng biện pháp ngăn chặn cấm đi khỏi nơi cư trú.
Nguyễn Xuân Phú là Trưởng ban kế toán Nhà máy sữa Đà Nẵng, bị khởi tố để điều tra về hành vi tham ô tài sản, gây thất thoát số tiền khoảng 7,6 tỉ đồng của công ty này. Kết quả điều tra ban đầu thể hiện, trong khoảng từ tháng 3/2016 đến 4/2018, ông Võ Ngọc Sinh (SN 1961, nay đã chết), ngụ tỉnh Bình Định, được bổ nhiệm làm Giám đốc chi nhánh nhà máy sữa Đà Nẵng, thuộc công ty Cổ phần sữa Việt Nam, tại Khu công nghiệp Hòa Khánh.
Trong thời gian đương chức, ông Sinh ký kết 4 hợp đồng nhập dầu diesel và dầu mỡ phục vụ vận chuyển cho nhà máy sữa với các công ty khác nhau.
Theo hợp đồng, nhà máy sữa Đà Nẵng sẽ gửi các đơn đặt hàng ít nhất trước 3 ngày cho các công ty này bằng fax, thư điện tử, trong đó, thể hiện chi tiết số lượng, lịch biểu và địa điểm giao hàng. Hình thức thanh toán chuyển khoản, đơn giá là giá trị thị trường do bộ Tài chính quy định.
Dưới sự chỉ đạo của ông Sinh, từ tháng 3/2016 đến 4/2018, Phú đã yêu cầu 2 nữ nhân viên là Trang và Thảo làm khống hóa đơn nhập dầu diesel và dầu mỡ phục vụ vận chuyển cho nhà máy sữa, chiếm đoạt tài sản của nhà máy.
Tháng 10/2017, Thảo nghỉ theo chế độ thai sản nên nhà máy sữa bố trí Trang là nhân viên thủ kho thành phẩm sang phụ trách kho vật tư kỹ thuật. Từ đây, Phú chỉ đạo Trang tiếp tục thực hiện hợp thức hóa khống việc nhập dầu.
Do sợ mất việc nên Trang thực hiện theo ý định của Phú. Đến tháng 4/2018, Thảo đi làm trở lại nên Trang bàn giao lại công việc. Ngày 5/4/2018, ông Sinh qua đời, Phú tiếp tục cùng Thảo hợp thức hóa đơn khống.
Đến tháng 7/2018, tân Giám đốc nhà máy sữa kiểm tra, phát hiện tổng số tiền các đối tượng chiếm đoạt là 7,6 tỷ đồng. Đến nay, các đối tượng đã tự nguyện giao nộp lại toàn bộ số tiền đã chiếm đoạt.