Đối với công tác thanh tra chuyên ngành, kiểm tra nội bộ, thực hiện được 89 cuộc theo kế hoạch. Tổng số tiền kiến nghị truy thu thuế và xử phạt vi phạm hành chính hơn 100,67 tỷ đồng (trong đó số thuế yêu cầu truy thu hơn 84,67 tỷ đồng; xử phạt vi phạm hành chính gần 16 tỷ đồng). Đã thu nộp ngân sách Nhà nước (lũy kế từ kết quả kiểm tra năm 2017) gần 19,5 tỷ đồng (trong đó số thuế truy thu hơn 16,17 tỷ đồng và xử phạt vi phạm hành chính gần 3,33 tỷ đồng).
Để nâng cao hiệu quả công tác kiểm tra sau thông quan; thanh tra chuyên ngành, kiểm tra nội bộ, Tổng cục Hải quan đang tập trung hoàn thiện Thông tư 72/2015/TT-BTC ngày 12/5/2015 về DN ưu tiên và các nội dung có liên quan. Bên cạnh đó, chú trọng thu thập, phân tích, đánh giá thông tin DN, lĩnh vực, mặt hàng, nhóm mặt hàng có dấu hiệu vi phạm, rủi ro cao; xây dựng kế hoạch, chuyên đề kiểm tra sau thông quan để chỉ đạo hướng dẫn các Cục Hải quan địa phương thực hiện.
Ngành Hải quan cũng cho biết sẽ tiếp tục tăng cường công tác chỉ đạo, kiểm tra hướng dẫn các cục hải quan địa phương trong công tác kiểm tra sau thông quan; xử lý, chấn chỉnh kịp thời, triệt để các vấn đề tồn tại, các vướng mắc trong quá trình thực hiện...
Trong lĩnh vực thanh tra chuyên ngành, kiểm tra nội bộ, Tổng cục Hải quan chỉ đạo các lực lượng chức năng tập trung vào các DN, lĩnh vực, mặt hàng trọng điểm, có rủi ro cao, nâng cao hiệu quả thanh tra, kiểm tra trên phạm vi toàn ngành. Đồng thời, phối hợp tổ chức đào tạo, bồi dưỡng về nghiệp vụ chuyên môn sâu cho cán bộ công chức thanh tra để đáp ứng yêu cầu công tác; tăng cường kiểm tra các trường hợp giảm thuế, miễn thuế, hoàn thuế, không thu thuế...
Trước đó, năm 2017, ngành Hải quan thu nộp ngân sách gần 2.300 tỷ đồng từ kiểm tra sau thông quan; và công tác thanh tra chuyên ngành, kiểm tra nội bộ.
Năm 2018, Tổng cục Hải quan được Quốc hội và Bộ Tài chính giao dự toán thu ngân sách nhà nước là 283.000 tỷ đồng. Theo số liệu của Kho bạc Nhà nước, số thu ngân sách nhà nước từ hoạt động xuất nhập khẩu từ 1- 29/5/2018 đạt 26.639 tỷ đồng, lũy kế cả năm đến ngày 29/05/2018 đạt 118.391 tỷ đồng bằng 41,8% dự toán, bằng 40,4% chỉ tiêu phấn đấu.
Trên cơ sở số thu những ngày đầu tháng 5 và ước kim ngạch XNK trong tháng 5/2018 cũng như tình hình kinh tế nói chung hiện nay, ước thu tháng 5/2018 đạt 28.000 tỷ đồng. Tổng thu NSNN 5 tháng đầu năm 2018 ước đạt 119.750 tỷ đồng bằng 42,31% dự toán, bằng 40,87% chỉ tiêu phấn đấu, tăng 1,25% so với cùng kỳ năm 2017 (118.276 tỷ đồng).
Về công tác chống buôn lậu, gian lận thương mại, tính từ 16/4/2018 đến 15/5/2018, toàn ngành Hải quan đã chủ trì, phối hợp, phát hiện, bắt giữ, tổng 1.633 vụ việc vi phạm trong lĩnh vực Hải quan, trị giá hàng hóa vi phạm ước tính hơn 95 tỷ đồng; số thu ngân sách đạt 23 tỷ 326 triệu đồng, cơ quan Hải quan khởi tố 9 vụ án hình sự, chuyển cơ quan khác khởi tố 11 vụ.