Theo đó, đó, thực hiện kế hoạch kiểm tra sau thông quan của Tổng cục Hải quan, Cục Kiểm tra sau thông quan và Cục Hải quan tỉnh Hà Tĩnh đã phối hợp tiến hành kiểm tra sau thông quan (KTSTQ) đánh giá tuân thủ pháp luật đối với Công ty TNHH Gang thép Hưng Nghiệp Formosa Hà Tĩnh.
Cơ quan Hải quan đã tiến hành kiểm tra toàn bộ hồ sơ liên quan đến hoạt động xuất nhập khẩu của Công ty Formosa trong thời hạn 5 năm (giai đoạn 2010-2015).
Kết quả kiểm tra cho thấy, về cơ bản Công ty đã tuân thủ tốt pháp luật Hải quan, pháp luật Thuế. Tuy nhiên, qua kiểm tra hồ sơ, tài liệu kỷ thuật và khảo sát thực tế tại chân công trình, đoàn kiểm tra đã xác định mặt hàng kết cấu thép tiền chế dạng tháp và các bộ phận rời kèm theo dùng để lắp ghép nhà xưởng, Doanh nghiệp đã kê khai, áp mã HS chưa đúng với quy định hiện hành, dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp.
Cơ quan Hải quan đã đấu tranh với Doanh nghiệp để xác định mã HS của mặt hàng trên theo đúng quy định và tiến hành áp lại mã số hàng hóa của mặt hàng "kết cấu thép tiền chế dạng tháp và các bộ phận rời kèm theo dùng để lắp ghép nhà xưởng" của Công ty TNHH Gang thép Hưng Nghiệp Formosa Hà Tĩnh để tiến hành truy thu thuế.
Trên cơ sở kết quả kiểm tra sau, Tổng cục Hải quan đã ban hành Quyết định số 1183/QĐ-TCHQ ngày 28/4/2016 về việc ấn định thuế đối với mặt hàng nhập khẩu của Công ty. Cụ thể, Công ty Formosa đã bị truy thu 4.988.823.207 đồng tiền thuế Nhập khẩu và 498.882.320 đồng thuế GTGT. Tổng số tiền thuế mà công ty bị truy thu là 5.487.705.527 đồng.
Ngoài ra, Công ty Formosa còn phải nộp số tiền phạt chậm trên mức thuế bị truy thu và bị cơ quan Hải quan xử phạt vi phạm hành chính theo quy định.
Kết quả trên cho thấy tầm quan trọng và ý nghĩa của công tác KTSTQ, một mặt góp phần chống thất thu cho ngân sách nhà nước; tuyên truyền, hỗ trợ Doanh nghiệp thực hiện tốt pháp luật Hải quan, pháp luật Thuế, đặc biệt là đối với các Doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài như Công ty TNHH Gang thép Hưng Nghiệp Formosa Hà Tĩnh.