Đối tượng thanh, kiểm tra chủ yếu là các cơ sở sản xuất, chế biến, kinh doanh, nhập khẩu thực phẩm, kinh doanh dịch vụ ăn uống, kinh doanh thức ăn đường phố, tập trung vào những cơ sở sản xuất, kinh doanh các mặt hàng thực phẩm được sử dụng nhiều trong dịp Tết Canh Tý và các lễ hội như: Thịt, sản phẩm từ thịt, bia, rượu, nước giải khát, bánh, mứt, kẹo... các cơ sở dịch vụ ăn uống.
Trong đó, các đoàn của TP tập trung thanh, kiểm tra những cơ sở sản xuất, kinh doanh, nhập khẩu thực phẩm với số lượng lớn, các chợ đầu mối, siêu thị, trung tâm thương mại. Đối với các cơ sở thực phẩm vừa và nhỏ, cơ sở kinh doanh dịch vụ ăn uống chủ yếu do cấp huyện, xã thực hiện thanh, kiểm tra.
Cấp TP sẽ tổ chức 4 đoàn thanh tra, kiểm tra liên ngành ATTP, trong đó 3 đoàn thanh, kiểm tra liên ngành ATTP TP do lãnh đạo các sở Y tế, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Công Thương làm Trưởng đoàn kiểm tra công tác triển khai kế hoạch của các quận, huyện, xã, phường, thị trấn và kiểm tra thực tế tại một số cơ sở sản xuất, chế biến, kinh doanh thực phẩm trên địa bàn được phân công. Một đoàn thanh kiểm tra liên ngành do lãnh đạo Cục Quản lý thị trường TP làm Trưởng đoàn, thanh, kiểm tra công tác ATTP tại các cơ sở thực phẩm có dấu hiệu vi phạm, vụ việc về ATTP trên địa bàn.
Ở cấp huyện cũng sẽ thành lập các đoàn thanh, kiểm tra liên ngành ATTP kiểm tra việc triển khai thực hiện công tác đảm bảo ATTP tại các xã, phường, thị trấn; kiểm tra lễ hội, các cơ sở, dịch vụ, cơ sở sản xuất hộ gia đình, đại lý kinh doanh thực phẩm... đã được phân cấp trên địa bàn quận, huyện quản lý; phúc tra, giám sát các cơ sở do xã, phường kiểm tra. Còn ở cấp xã, tổ chức các đoàn thanh, kiểm tra liên ngành ATTP kiểm tra tại các lễ hội, cơ sở phục vụ, dịch vụ, cơ sở bán lẻ... chợ và thức ăn đường phố trên địa bàn xã, phường, theo phân cấp.