Theo đó, hiện trên địa bàn TP HCM có 92 tuyến đường thủy nội địa địa phương với tổng chiều dài 598,7km. Trong 92 tuyến chỉ có 8 tuyến (với chiều dài là 39,3km, đạt 8,7%) đạt cấp quy hoạch, còn lại không đạt do các tuyến bị bồi lắng chưa được nạo vét; tĩnh không, khẩu độ khoang thông thuyền của các công trình trên tuyến chưa đạt cấp kỹ thuật...
TP HCM cũng có 385 cảng, bến thủy nội địa được cấp giấy phép hoạt động, gồm: 203 bến vật liệu xây dựng; 81 bến vận chuyển hành khách; 29 bến khách ngang sông; 48 bến hàng hóa; 24 bến có mục đích sử dụng khác như neo đậu, sửa chữa phương tiện, huấn luyện, tập kết rác.
Từ năm 2009 đến nay, TP đã cải tạo, bố trí lại khu bến Bạch Đằng; xây dựng bến tàu khách quốc tế tại khu vực công viên Phú Thuận (mũi Đèn Đỏ); triển khai xây dựng mạng lưới các bến khách tại các trục kênh Tàu Hủ, kênh Tẻ - kênh Đôi và sông Sài Gòn như: tuyến buýt đường thủy số 1, bến tàu cao tốc từ bến Bạch Đằng đi bến Tắc Suất, huyện Cần Giờ và bến khu du lịch Hồ Mây, TP Vũng Tàu… Dù vậy, UBND TP HCM cho hay, công tác quản lý, quy hoạch mạng lưới cảng bến và đường thủy trên địa bàn hiện còn gặp nhiều khó khăn.
Về luồng tuyến, TP không chỉ có mạng lưới đường thủy nối kết liên tỉnh mà còn có mạng lưới đường thủy nội đô phong phú. Tuy nhiên, cơ cấu đầu tư cho phát triển hệ thống giao thông đường thủy còn thấp, chưa tương xứng với tiềm năng, trong khi đây là phương thức vận tải có chi phí thấp.
TP vẫn còn tồn tại nhiều tuyến đường thủy đã xuống cấp do bồi lắng và cạn. Một số tuyến có các cầu bắc qua với tĩnh không thấp hoặc chướng ngại vật đã làm cản trở phương tiện thủy lưu thông như cầu Bình Lợi trên sông Sài Gòn, cầu Rạch Dơi trên tuyến rạch Dơi - sông Kinh, tuyến Nhiêu Lộc - Thị Nghè, tuyến Giồng Ông Tố (vướng đập Nam Lý)… Công tác giải phóng mặt bằng để thực hiện các dự án còn chậm, nhiều vướng mắc.
Về hệ thống cảng - bến thủy nội địa, đa số kết cấu tạm, năng lực xếp dỡ thấp, sử dụng công nghệ thiết bị bốc xếp còn thủ công. Bên cạnh đó, do Dự án quy hoạch đang tạm ngưng nên hoạt động của các bến thủy nội địa hiện nay chỉ mang tính chất tạm thời. Vì vậy, các chủ bến, chủ khai thác bến chưa mạnh dạn đầu tư để nâng cấp cơ sở hạ tầng, thiết bị xếp dỡ… dẫn đến hiệu quả khai thác thấp.
Mặt khác, theo UBND TP, các doanh nghiệp vận tải thủy đa số còn nhỏ lẻ, phần lớn là phương tiện cá nhân nên đã hạn chế đến sức cạnh tranh cũng như việc tham gia vào vận tải đường thủy. Việc tham gia tổ chức vận chuyển đa phương thức, logistics còn nhiều hạn chế; chưa hình thành các cảng cạn cỡ lớn gắn với phương thức vận tải chủ đạo bằng đường thủy nội địa. Thói quen tập trung vào hàng rời đã hạ thấp tiềm năng loại hình vận chuyển container bằng đường thủy nội địa.
Trước những khó khăn đó, UBND TP kiến nghị Cục Đường thủy nội địa Việt Nam: Nghiên cứu, đề xuất tiêu chí xây dựng, tiêu chuẩn về diện tích tối thiểu, kết cấu… đối với từng loại bến thủy nội địa (bến du lịch, bến hành khách, bến hàng hóa…). Ban hành các quy định riêng, đặc thù đối với bến thủy nội địa hoạt động thể thao, vui chơi giải trí, bến đò màn, bến hộ gia đình, không mục đích kinh doanh; các bến có phương tiện vận tải hành khách công cộng bằng đường thủy; phương tiện vào, rời cảng, bến nhiều lần trong ngày; phương tiện chạy đối lưu tại các cảng, bến trong cùng địa bàn quản lý.
