Bộ VH, TT&DL nhấn mạnh, với phương án thiết kế thân ga cách Tháp Bút 36 m, đường hầm dưới lòng đất chỉ cách 1 m thì khi thi công sẽ phải đào đất, làm rào chắn, di dời toàn bộ cây xanh khu vực ven hồ. Khi công trình hoàn thành mới trả lại mặt bằng di tích, gây ảnh hưởng trực tiếp đến cảnh quan, môi trường văn hoá và sinh thái khu vực.
Việc thi công nhà ga còn tạo rung chấn, ảnh hưởng tới Nghi Môn, Tháp Bút của đền Ngọc Sơn và đền Bà Kiệu. Đặc biệt, Tháp Bút là biểu tượng đặc sắc riêng có về truyền thống hiếu học và văn hiến của Thủ đô Hà Nội, đã đi vào tiềm thức của người dân. Việc xây ga ngầm cạnh Hồ Gươm còn có nguy cơ tắc nghẽn giao thông ở đây khi tiếp nhận lượng hành khách lớn từ ngoài vào trung tâm.
Vì vậy, Bộ VH, TT&DL tiếp tục đề nghị TP Hà Nội điều chỉnh hướng tuyến, vị trí nhà ga và các công trình phụ trợ để không gây ảnh hưởng bất lợi đối với các di tích, tuân thủ Luật Di sản văn hoá.
Vị trí ga ngầm C9 dự kiến đặt trong khuôn viên công viên bờ hồ Hoàn Kiếm. Thân ga chính bố trí ngầm dưới phố Đinh Tiên Hoàng, kích thước dài 150 m, rộng hơn 21 m, sâu trên 17 m và có 3 tầng (tầng trung chuyển, tầng thiết bị và tầng ke ga). Bộ VH, TT&DL nhiều lần đề nghị tịnh tiến ga C9 về phía Đông đường Đinh Tiên Hoàng, ra xa hồ Hoàn Kiếm và đền Ngọc Sơn.
Trong khi đó, TP Hà Nội khẳng định vị trí ga C9 không xâm phạm khu vực bảo vệ lõi và các yếu tố cấu thành lịch sử, danh lam thắng cảnh hồ Hoàn Kiếm và đền Ngọc Sơn.
Tháng 9/2019, Chính phủ yêu cầu Bộ VH, TT&DL cùng một số bộ, ngành, cơ quan nghiên cứu, đề xuất phương án thiết kế, thi công nhà ga C9 "đảm bảo đúng quy định pháp luật về di sản văn hoá".
