Theo đó, chiều 17/5/2012, biết anh trai là Dương Chí Dũng bị CQĐT- BCA ra quyết định khởi tố và bắt tạm giam, Dương Tự Trọng đã hướng dẫn anh trai đi trốn và nhà bạn gái. Trọng giao cho Hoàng Văn Thắng và Phạm Minh Tuấn đón Chí Dũng trốn xuống Quảng Ninh. Sau đó, Thắng cùng Nguyễn Trọng Ánh (cán bộ CA Hải Phòng) đón Dương Chí Dũng đi vào TP HCM, đổi xe ô tô rồi đến cửa khẩu Mộc Bài. Dương Chí Dũng cùng Đồng Xuân Phong và Trần Văn Dũng (Dũng “Bắc Kạn”) đã sang được Campuchia để Dũng đi Singapore và Mỹ.
Đại diện VKS cho rằng, đây là vụ án đặc biệt nghiêm trọng, phạm tội có tổ chức do Dương Tự Trọng là người chủ mưu, cầm đầu, sử dụng nhiều thủ đoạn tinh vi nhằm tránh sự phát hiện của cơ quan chức năng… gây cản trở, khó khăn cho công tác điều tra vụ tham nhũng tại Vinalines, tạo dư luận không tốt, gây mất lòng tin trong nhân dân và ảnh hưởng nghiêm trọng đến uy tín của cơ quan bảo vệ pháp luật.
Dương Tự Trọng được đại diện VKS đánh giá là người có chức vụ trong lực lượng công an nhưng lại sử dụng sử dụng kinh nghiệm, nghiệp vụ trong phòng chống tội phạm để thực hiện hành vi phạm tội, là người lên kế hoạch, phân công nhiệm vụ, quy định sử dụng “bí danh”, dùng sim rác, cung cấp tiền… Trong quá trình xét xử, bị cáo đã không thừa nhận hành vi phạm tội của mình. Dương Tự Trọng bị đại diện VKS đề nghị mức án 18-20 năm tù giam.
Vũ Tiến Sơn, có vai trò sau Trọng, bị đề nghị mức án 17- 18 năm tù. Các bị cáo Hoàng Văn Thắng; Đồng Xuân Phong; Trần Văn Dũng; Nguyễn Trọng Ánh bị đề nghị mức án 6-7 năm tù. Bị cáo Phạm Minh Tuấn bị đề nghị mức 5-6 năm tù.