Dự thảo Thông tư đã được lấy ý kiến cộng đồng doanh nghiệp nhiều lần, tuy nhiên theo Tổng cục Hải quan, do có sự thay đổi của các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan dẫn đến một số nội dung quy định tại dự thảo Thông tư cần được sửa đổi, bổ sung, chỉnh lý. Chính vì vậy, để đảm bảo tuân thủ quy trình xây dựng văn bản quy phạm pháp luật, Tổng cục Hải quan tiếp tục lấy ý kiến về dự thảo Thông tư sửa đổi.
Liên quan đến việc xây dựng và hoàn thiện dự thảo Thông tư, thời gian qua, Tổng cục Hải quan đã nghiêm túc thực hiện các hoạt động cần thiết cho công tác soạn thảo dự thảo Thông tư theo đúng quy định của Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật 2015 và Nghị định số 34/2016/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật như: Tổng hợp các vấn đề vướng mắc của hải quan địa phương, cộng đồng doanh nghiệp; rà soát, hoàn thiện dự thảo Thông tư để đăng tải lên website Tổng cục Hải quan, tổ chức hội thảo lấy ý kiến các đối tượng chịu sự điều chỉnh của Thông tư sửa đổi, bổ sung.
Ngoài ra, do nội dung sửa đổi dự kiến trải dài ở nhiều lĩnh vực với các đối tượng bị điều chỉnh hoàn toàn khác nhau, Tổng cục Hải quan đã tổ chức các Hội thảo lấy ý kiến theo chuyên đề với sự hỗ trợ kỹ thuật của Dự án Tạo thuận lợi thương mại của USAID.
Dự thảo Thông tư sửa đổi tập trung vào sửa đổi, bổ sung các nội dung thuộc nhóm vấn đề về thủ tục hải quan như: Quy định về thực hiện thủ tục hải quan ngoài giờ làm việc, ngày nghỉ, ngày lễ; hồ sơ hải quan khi làm thủ tục hải quan; khai hải quan; khai bổ sung sau thông quan trong trường hợp gửi thiếu hàng; khai thay đổi mục đích sử dụng; về khai hải quan đối với hàng vận chuyển độc lập…
Bên cạnh nhóm vấn đề về quản lý hàng hóa gia công, sản xuất xuất khẩu, doanh nghiệp chế xuất cũng sửa đổi nhiều quy định. Chẳng hạn như: Quy định về định mức; thông báo cơ sở gia công, sản xuất hàng hóa xuất khẩu; nơi lưu giữ nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị, sản phẩm xuất khẩu; hợp đồng, phụ lục hợp đồng gia công; thông báo cơ sở gia công, sản xuất hàng hóa xuất khẩu; nơi lưu giữ nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị, sản phẩm xuất khẩu; hợp đồng, phụ lục hợp đồng gia công; kiểm tra cơ sở, năng lực gia công, sản xuất hàng hóa xuất khẩu, nơi lưu giữ nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị, sản phẩm xuất khẩu…
Các nhóm vấn đề về giám sát hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đưa vào, đưa ra cảng, kho, bãi, địa điểm; nhóm vấn đề về quản lý kho, bãi, địa điểm; nhóm vấn đề về trị giá hải quan; nhóm vấn đề về thu, nộp thuế và quản lý thuế, cũng là những vấn đề quan trọng có nhiều nội dung sửa đổi tại dự thảo lần này.