Về tuyển sinh, quy chế hiện hành tại Thông tư 15/2014 chỉ có hình thức thi tuyển và quy định rất chi tiết về đề thi, tổ chức thi, chấm thi... Tuy nhiên, căn cứ Luật GDĐH, bên cạnh thi tuyển, cơ sở đào tạo được phép sử dụng phương thức xét tuyển hoặc kết hợp giữa thi tuyển và xét tuyển. Dự thảo cũng quy định về nguyên tắc và ngưỡng bảo đảm chất lượng đầu vào.
Từ đó, cơ sở đào tạo xây dựng phương án tuyển sinh phù hợp với điều kiện cụ thể của từng trường, từng ngành, nhưng phải tuân thủ các tiêu chuẩn tối thiểu theo quy định, để thực hiện trách nhiệm giải trình cũng như sự giám sát của các bên liên quan và toàn xã hội.
Dự thảo cũng tăng cường quản lý chất lượng đầu ra khi quy định chuẩn đầu ra phải đạt trình độ bậc 4 theo Khung năng lực 6 bậc của Việt Nam. Chuẩn đầu ra này cũng là điều kiện đầu vào của tuyển sinh trình độ tiến sĩ tại Việt Nam.
Dự thảo cho phép đối tượng đầu vào là người học có bằng ĐH ở các ngành khác với khối lượng học tập tích lũy khác nhau. Như vậy, để đáp ứng nhu cầu đào tạo của mọi đối tượng người học, tổ chức đào tạo trình độ thạc sĩ có thể mềm dẻo về quy trình nhưng vẫn bảo đảm về chất lượng. Luật GDĐH không cho phép liên kết đào tạo trình độ thạc sĩ ngoài cơ sở, nên các cơ sở không được phép tổ chức đào tạo thạc sĩ ngoài trụ sở chính hoặc phân hiệu.
Để hạn chế việc một giảng viên hướng dẫn luận văn thạc sĩ theo định hướng nghiên cứu tràn lan, không có công cụ kiểm soát chất lượng, dự thảo đã được bổ sung nhiều quy định để siết chất lượng hơn…