Về nguyên nhân chủ quan, Bộ GTVT cho biết thiết kế cơ sở ban đầu còn sơ sài, chưa lường hết được quy mô, tính chất, công năng, nên phải điều chỉnh tại bước thiết kế kỹ thuật. Dự án chờ nhà tài trợ phê duyệt hợp đồng, cấp hiệu lực cho Hiệp định vay vốn bổ sung kéo dài.
Ngân hàng xuất nhập khẩu Trung Quốc (China Eximbank) là Cơ quan quản lý, cung cấp nguồn vốn vay không thiết lập đại diện thường trú tại Việt Nam, ảnh hưởng đến hiệu quả điều hành cấp vốn thực hiện Dự án.
Tập đoàn Cục 6 Đường sắt Trung Quốc (Tổng thầu EPC) chưa có kinh nghiệm trong triển khai thực hiện Dự án tổng thể theo hình thức họp đồng EPC, đồng thời chưa thực hiện theo đúng cam kết về tiến độ, thiếu kinh nghiệm trong việc thiết kế.
Cách thức triển khai thực hiện Dự án ở mỗi nước có sự khác biệt, đặc biệt là cách thức lập Hồ sơ thiết kế, Hồ sơ nghiệm thu thanh toán; trong khi đây là lần đầu tiên Tổng thầu Trung Quốc thực hiện dự án tại Việt Nam dẫn đến công tác quản lý điều hành của Tổng thầu còn nhiều lúng túng và bất cập.
Công tác giải ngân của Hiệp định vay bổ sung gặp nhiều vướng mắc do các bên chưa thống nhất được ý kiến pháp lý (Hiệp định vay bổ sung được ký từ 11/5/2017 nhưng đến 28/12/2017 các bên mới thống nhất được ý kiến pháp lý và đến ngày 25/4/2018 mới thống nhất được 13 điều kiện cho lần giải ngân đầu tiên của dự án). Các quy định và chế tài xử lý đối với họp đồng EPC còn chưa đầy đủ.
Về nguyên nhân khách quan, Bộ GTVT cho rằng công tác giải phóng mặt bằng (GPMB) tại trung tâm thành phố Hà Nội rất chậm và phức tạp, không đáp ứng được yêu cầu của công tác khảo sát thiết kế kỹ thuật. Do yếu tố khác biệt về quy định giữa hai quốc gia về các tiêu chuẩn kỹ thuật, quy trình, quy phạm trong bước thiết kế, thi công và dự toán gây khó khăn trong công tác điều hành, tổ chức thực hiện.
Hệ thống quy định của pháp luật hiện hành của Việt Nam về thực hiện hợp EPC chưa đầy đủ, đồng bộ, đặc biệt là quy định về tính trọn gói giữa các yếu tố kỹ thuật, tài chính, thủ tục, thẩm quyền phê duyệt điều chỉnh Dự án.
Sự kiện Trung Quốc hạ đặt giàn khoan HD981 trong thềm lục địa của Việt Nam đầu tháng 5/2014 ảnh hưởng trực tiếp đến thực hiện dự án (mất hơn 1 năm hạn chế các hoạt động xây dựng của Tổng thầu).
Bên cạnh đó, lạm phát trong giai đoạn thực hiện năm 2008 (CPI là 19,9%) và giai đoạn 2010-2011 (CPI lần lượt là 11,8% và 18,13%), tổng tỷ lệ lạm phát của riêng 3 năm này đã là 49,83% (ảnh hưởng lớn đến giá nhân công, vật tư, vật liệu xây dựng).
Dự án chậm tiến độ, tăng tổng mức đầu tư ngoài trách nhiệm chính thuộc phía Tổng thầu thì Chủ đầu tư (Bộ GTVT), Ban Quản lý dự án (QLDA) Đường sắt chịu trách nhiệm trong công tác quản lý điều hành Dự án.
Tư vấn thiết kế bước lập dự án chịu trách nhiệm về chất lượng lập dự án đầu tư. Chủ đầu tư của phần giải phóng mặt bằng (GPMB) (UBND TP Hà Nội) chịu trách nhiệm về việc chậm trễ trong công tác GPMB. Tư vấn giám sát chịu trách nhiệm trong công tác chỉ đạo thi công, quản lý tiến độ, chất lượng, giá thành xây dựng.
Thời gian qua, mặc dù Bộ GTVT và các bên liên quan đã quyết liệt chỉ đạo nhưng Dự án vẫn triển khai rất chậm, đến nay Dự án vẫn chưa thể hoàn thành và có nguy cơ kéo dài do một số nội dung Tổng thầu không thực hiện theo chỉ đạo của Bộ GTVT.
Các khó khăn, vướng mắc đã được Bộ GTVT báo cáo Thủ tướng Chính phủ, Văn phòng Trung ương Đảng, Bộ Ngoại giao và Đại sứ quán Trung Quốc để hỗ trợ chỉ đạo và có các giải pháp giải quyết nhằm đưa Dự án vào vận hành khai thác trong thời gian sớm nhất.
Đồng thời Bộ GTVT đã chỉ đạo Ban QLDA Đường sắt chủ động rà soát các điều khoản trong hợp đồng EPC, xác định rõ trách nhiệm của Tổng thầu và các bên liên quan để xử lý, giải quyết các khiếu kiện trong trường hợp cần thiết phù hợp với điều kiện của hợp đồng EPC.
Đường sắt đô thị Hà Nội tuyến Cát Linh - Hà Đông có chiều dài tuyến đi trên cao là 13,5 km (từ Cát Linh đi Hà Đông), khổ đường 1.435 mm và 12 nhà ga trên cao. Đoàn tàu chạy với vận tốc thiết kế tối đa 80 km/giờ, vận tốc bình quân khai thác 35 km/giờ, khai thác với tần suất vận chuyển khoảng 2 phút/chuyến.
Dự án có tổng mức đầu tư sau điều chỉnh là 886 triệu USD (khoảng hơn 20.000 tỷ đồng). Dự kiến ban đầu đưa vào khai thác năm 2016 nhưng phải điều chỉnh lùi tiến độ nhưng đến nay vẫn chưa đưa vào khai thác thương mại.
