Trong thông báo kết luận, KTNN đã đề cập nhiều vi phạm của nhà đầu tư dự án là Trung Nam Group. Theo đó, trong công tác lập thẩm định và phê duyệt Tổng mức đầu tư dư án, Trung Nam Group đã tính toán sai khối lượng, sáp dụng sai đơn giá, vận dụng máy thi công và nhân công K3 làm tăng tổng mức đầu tư số tiền hơn 402 tỷ đồng.
Đối với công tác lập thẩm định và phê duyệt thiết kế cơ sở, theo KTNN, các bên đã lựa chọn giải pháp thiết kế cơ sở chưa phù hợp, dẫn đến điều chỉnh thay đổi trong quá trình triển khai, thay đổi đổi biện pháp cho hầm vượt sống Sài Gòn, điều chỉnh trụ pin và bản đáy khi thiết kế bản vẽ thi công.
Cũng theo KTNN, nhà đầu tư đã lựa chọn vật tư chế tạo cửa van các gói thầu TB15, TB19, TB22 và TB26, khi thiết kế cơ sở chưa phù hợp, nên khi thiết kế kỹ thuật thi công phải điều chỉnh từ thép không rỉ SUS304, thép S355 sang sử dụng thép S355 hoặc các loại thép tương đương. Điều quan trọng là việc thay đổi vật tư chế tạo của Trung Nam Group theo KTNN “chưa được lập và trình UBND TP.HCM theo quy định tại điều 17 hợp đồng BT”.
Tương tự, KTNN kết luận trong công tác lựa chọn nhà đầu tư, tổ chuyên gia tư vấn lựa chọn nhà đầu tư chưa đáp ứng đầy đủ năng lực theo quy định tại khoản 3 Điều 14 - Nghị định 30/2015/ND - CP ngày 17/3/2015 của Chính phủ.
Trong hợp đồng BT này, Trung Nam Group và Công ty TNHH Trung Nam BT 1547 – Công ty con của Trung Nam Group và cũng là nhà thầu của dự án, bị KTNN yêu cầu xử lý tài chính số tiền hơn 691 tỷ đồng. Trong đó, KTNN yêu cầu giảm chi phí đầu tư các gói thầu được kiểm toán số tiền gần 152 tỷ, giảm giá trị hợp đồng còn lại của gói thầu được kiểm toán gần 257 tỷ, hoàn tất các thủ tục xuất hóa đơn giá trị gia tăng đầu ra, kê khai và nộp thuế số tiền gần 283 tỷ đồng.
Điều 7 Luật Kiểm toán Nhà nước quy định về giá trị pháp lý của kiểm toán thì báo cáo của KTNN sau khi phát hành và công khai có giá trị bắt buộc phải thực hiện đối với đơn vị được kiểm toán về sai phạm trong quản lý sử dụng tài chính công, tài sản công. Cũng theo quy định của luật này, báo cáo của KTNN là căn cứ để, Chính phủ, cơ quan quản lý nhà nước và tổ chức, cơ quan khác của Nhà nước sử dụng trong công tác quản lý, điều hành và thực thi nhiệm vụ quyền hạn của mình.
Sau khi có kết luận của KTNN về hàng trăm tỷ đồng có dấu hiệu vi phạm về thuế của Trung Nam Group, Cục thuế TP Hồ Chí Minh cần phải vào cuộc làm rõ những kiến nghị của cơ quan kiểm toán nhưng đến nay, sự việc này vẫn chậm được làm rõ trong khi Cục Thuế TP Hồ Chí Minh lại đề nghị thu hồi giấy phép của đơn vị tư vấn giám sát là Công ty Meinhardt với lý do doanh nghiệp này nợ tiền thuế và tiền phạt.
