Sau khi TAND tỉnh Bắc Giang hoãn phiên toà sơ thẩm vụ án Lý Nguyễn Chung, trả hồ sơ để điều tra bổ sung, đề nghị làm rõ nội dung thời điểm chị Nguyễn Thị Hoan bị sát hại, nạn nhân có 2 con trai vị thành niên chứ không phải chỉ có 1 con như trong hồ sơ vụ án và đề nghị xem xét trách nhiệm bồi thường cho các con của nạn nhân.
Đồng thời TAND tỉnh Bắc Giang cũng đề nghị cơ quan có thẩm quyền hủy phần dân sự của hai bản án hình sự đối với ông Nguyễn Thanh Chấn.
Sau thời gian điều tra bổ sung, đến nay cơ quan điều tra đã có kết luận vụ thể về sự việc như sau: Năm 1990, chị Hoan sinh con trai là Nguyễn Xuân Tiến và làm giấy khai sinh tại UBND xã Nhã Nam, huyện Tân Yên, tỉnh Bắc Giang. Tuy nhiên, do chồng chị Hoan nhờ người làm hộ nên cán bộ ghi nhầm tên.
Đến năm 1998, vợ chồng chị Hoan ly hôn, Tiến ở với bố, chị Hoan phải cấp dưỡng mỗi tháng là 15 kg thóc đến khi Tiến đủ 18 tuổi. Sau ly hôn, chị Hoan sinh thêm một bé trai vào năm 2002. Đến ngày 15/8/2003, nạn nhân bị Chung sát hại tại nhà riêng.
Theo kết luận điều tra bổ sung, đủ cơ sở xác định chị Hoan sinh được hai con trai, thời điểm chị Hoan bị sát hại, con trai lớn 13 tuổi, nhỏ 2 tuổi. Mẹ đẻ của chị Hoan đã yêu cầu bị cáo Chung bồi thường tiền mai táng 23 triệu đồng và tiền cấp dưỡng nuôi hai cháu ngoại đến khi đủ 18 tuổi.
Trước đó, Bộ Công an cũng có công văn đề nghị VKSNDTC kháng nghị giám đốc thẩm đề nghị TANDTC xem xét theo thủ tục giám đốc thẩm huỷ phần dân sự hai bản án oan đối với ông Nguyễn Thanh Chấn trên theo hướng ông Chấn không phải bồi thường dân sự, hoàn toàn vô tội.