Theo cáo trạng, trong thời gian công tác tại Trường Tiểu học Cư Pui I (do Y Lim Niê làm Hiệu trưởng), Phạm Văn Thắng (kế toán), Phạm Thị Sen (thủ quỹ) và Phan Mạnh Tường (thủ quỹ) đã không lập sổ quỹ tiền mặt của kế toán, không thực hiện kiểm kê, đối chiếu quỹ tiền mặt theo định kỳ giữa kế toán và thủ quỹ.
Từ tháng 7/2012 đến tháng 3/2016, Thắng đã nâng khống tổng số tiền trong bảng thanh toán tiền lương, phụ cấp lương hàng tháng của nhà trường, lập giấy rút dự toán ngân sách rồi trình lên hiệu trưởng ký tên, đóng dấu để thủ quỹ Sen và Tường làm thủ tục rút tiền tại Kho bạc Nhà nước huyện Krông Bông với tổng số tiền gần 11,9 tỷ đồng. Trong khi đó số tiền chi thực tế cho cán bộ, giáo viên và nhân viên của nhà trường là gần 10,8 tỷ đồng. Như vậy, số tiền được kê khống là 1,1 tỷ đồng, trong đó Sen trực tiếp nhận từ kho bạc số tiền hơn 631 triệu đồng, Tường nhận hơn 472 triệu đồng.
Theo lời khai của Sen và Tường, khi vừa nhận tiền xong thì Thắng đã chờ sẵn tại sân kho bạc hoặc gọi điện hẹn gặp tại quán cà phê, rồi yêu cầu đưa cho Thắng ứng một số tiền nhất định với lý do để giải quyết công việc của nhà trường. Thủ quỹ đã đưa tiền cho Thắng nhưng không có chứng từ, giấy tờ, biên nhận. Tổng hai lần Thắng nhận tiền từ Tường và Sen là hơn 700 triệu đồng.
Còn Thắng khai nhận: hàng tháng, sau khi Thủ quỹ rút tiền từ kho bạc, Thắng nói rõ số tiền rút dự toán chênh lệch trong tháng đó cho thủ quỹ biết (vì Thắng là người trực tiếp lập khống số tổng cộng trong bảng thanh toán tiền lương, phụ cấp lương hàng tháng, nên biết rõ số tiền chêng lệch từng tháng).
Cả Sen và Tường đều được Thắng yêu cầu đưa lại 70% số tiền chênh lệch, 30% còn lại được chia cho hai người để sử dụng cho mục đích cá nhân. Việc Thắng yêu cầu thủ quỹ giao cho Thắng số tiền trên là do Thắng tự nghĩ ra, không có sự bàn bạc, thỏa thuận với thủ quỹ trước đó.
Tuy nhiên, bị cáo Sen chỉ thừa nhận, hàng tháng Thắng có cho cá nhân Sen số tiền từ 200.000 - 900.000 đồng, tổng cộng khoảng 7 triệu (Sen không biết nguồn gốc số tiền này từ đâu mà có, chỉ nghĩ là số tiền hoa hồng mà Thắng được ngân hàng trích lại và cho Sen, vì thời gian này Thắng trực tiếp giao dịch với ngân hàng để làm thủ tục trả nợ tiền vay hàng tháng thay cán bộ, giáo viên, nhân viên nhà trường).
Với chức danh là Hiệu trưởng, Y Lim Niê đã không tiến hành kiểm tra chi tiết; hàng tháng, quý không tổ chức kiểm kê quỹ tiền mặt; hàng năm không đôn đốc tập hợp chứng từ để phòng tài chính quyết toán việc sử dụng ngân sách dẫn đến không kịp thời phát hiện ngăn chặn hành vi vi phạm pháp luật trong việc lập khống chứng từ, thủ tục rút tiền chi trả từ kho bạc gây thiệt hại ngân sách nhà nước nên đã đủ yếu tố cấu thành tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
Tại tòa, Luật sư bào chữa cho bị cáo Thắng đã đề nghị trả hồ sơ để điều tra bổ sung, làm rõ trách nhiệm của cán bộ Kho bạc Nhà nước huyện Krông Bông trong việc không kiểm tra rõ chứng từ thống kê. Tuy nhiên, HĐXX cho rằng, việc trả hồ sơ là không có căn cứ bởi Kho bạc Nhà nước huyện Krông Bông đã kiểm tra, kiểm soát chứng từ hợp lệ, hợp pháp thì mới tiến hành thanh toán lương, các khoản phụ cấp cho đơn vị, đảm bảo việc chi thanh toán các nguồn kinh phí cho Trường Tiểu học Cư Pui I trong phạm vi “Dự toán được sử dụng trong năm”.
Kết quả điều tra đã xác định: Nguồn kinh phí mà Kho bạc Nhà nước huyện Krông Bông đã chi thanh toán đối với Trường Tiểu học Cư Pui I từ năm 2012 đến năm 2015 đều nằm trong dự toán được giao nên cơ quan CSĐT không đề cập xử lý đối với các cán bộ Kho bạc Nhà nước huyện Krông Bông.
Kết thúc phiên tòa, HĐXX tuyên phạt bị cáo Phạm Văn Thắng 16 năm tù về tội “Tham ô” và “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng”; bị cáo Phạm Thị Sen 2 năm 6 tháng, bị cáo Phan Mạnh Cường 1 năm 6 tháng (cho hưởng án treo) về tội “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng”. Bị cáo Y Lim Niê 2 năm tù về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.