Sân bay rộng hơn 186ha, nằm gần trung tâm TP. Sau năm 1975, nơi này ngoài mục đích quân sự còn phục vụ các chuyến bay chở khách tới Khánh Hòa. Sau khi sân bay Cam Ranh hoàn thành, từ năm 2004 sân bay Nha Trang ngừng đón khách và trở thành căn cứ của Trung đoàn Không quân 920, Trường Sĩ quan Không quân. Cuối năm 2009, một phần sân bay Nha Trang được giao cho địa phương phát triển kinh tế - xã hội.
Trong văn bản gửi UBND tỉnh Khánh Hòa, CQĐT đề nghị rà soát, kiểm tra và cung cấp toàn bộ hồ sơ, tài liệu liên quan 11 nội dung, gồm: Các nghị quyết, văn bản của Tỉnh ủy, HĐND, UBND tỉnh liên quan đến việc sử dụng quỹ đất tại sân bay Nha Trang để thanh toán cho các dự án BT (xây dựng - chuyển giao) và trong việc thực hiện dự án Khu trung tâm thương mại - tài chính - dịch vụ - du lịch Nha Trang.
Tiếp đó là hồ sơ liên quan các cơ quan tham mưu, đề xuất để UBND tỉnh ban hành hai quyết định thu hồi đất do Trường Sĩ quan Không quân quản lý tại khu vực sân bay Nha Trang cũ, bàn giao cho Cty CP Tập đoàn Phúc Sơn và Kho bạc tỉnh Khánh Hòa.
Hồ sơ liên quan đến việc thu hồi đất quốc phòng, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất với các khu đất gồm: Trụ sở Kho bạc tỉnh Khánh Hòa; khu đất để thực hiện dự án K98 Nha Trang; khu đất 13,3ha đất tại sân bay Nha Trang giao cho Cty CP Đầu tư Hacom Holdings để thanh toán làm đường Nguyễn Thiện Thuật kéo dài.
Tiếp đó là hồ sơ pháp lý liên quan dự án đầu tư xây dựng Trường THPT dân lập Nguyễn Thiện Thuật; việc đất quốc phòng tại sân bay Nha Trang bị Cty Tân Thành Nam Khánh lấn chiếm.
Các hồ sơ, tài liệu của các cơ quan, tổ chức đã tham mưu, đề xuất UBND tỉnh Khánh Hòa cấp giấy chứng nhận và lựa chọn Cty CP Phúc Sơn là nhà đầu tư thực hiện dự án khu Trung tâm thương mại - tài chính - dịch vụ - du lịch Nha Trang; việc lập, thẩm định phê duyệt 3 dự án BT do Cty Phúc Sơn làm chủ đầu tư được thanh toán bằng quỹ đất tại sân bay Nha Trang cũ.
Hồ sơ trong việc tham mưu, báo cáo đề xuất lựa chọn Cty Phúc Sơn là nhà đầu tư thực hiện 3 dự án BT; tham mưu đề xuất để UBND tỉnh báo cáo Thủ tướng xin phép được lựa chọn nhà đầu tư trong trường hợp đặc biệt với 3 dự án BT giao cho Cty CP Phúc Sơn; việc ban hành thông báo xác định giá đất và điều chỉnh giá đất của khu đất tại sân bay Nha Trang.
UBND tỉnh cũng được yêu cầu cung cấp danh sách các cá nhân có liên quan đến việc tham mưu, đề xuất những nội dung trên.
Trước đề nghị của CQĐT Bộ Quốc phòng, UBND tỉnh Khánh Hòa xác định đây là công tác quan trọng nên yêu cầu các cơ quan, đơn vị, cá nhân liên quan phải khẩn trương, nghiêm túc trong cung cấp hồ sơ tài liệu; bảo đảm đầy đủ, đúng thời gian quy định trong quá trình cung cấp tài liệu phục vụ điều tra.
Trước đó, tỉnh Khánh Hòa đã chuyển tài liệu, hồ sơ liên quan sai phạm đất đai sân bay Nha Trang cho CQĐT Bộ Quốc phòng xử lý theo thẩm quyền.
Liên quan vụ việc trên, hồi cuối tháng 6/2021, Thanh tra Chính phủ công bố kết luận về việc chấp hành các quy định của pháp luật trong quản lý đầu tư xây dựng với 6 dự án BT sử dụng quỹ đất thanh toán tại khu vực sân bay Nha Trang.
Thanh tra Chính phủ chỉ ra các vi phạm như các dự án BT đã không hoàn thành đưa vào khai thác, sử dụng vào khoảng cuối năm 2017. Mặc dù đã gia hạn đến tháng 6/2021, nhưng thực tế đến thời điểm thanh tra mới thi công đạt khoảng 27% khối lượng xây lắp. Không thực hiện đúng tiêu chí công trình cấp bách để được áp dụng hình thức lựa chọn nhà đầu tư trong trường hợp đặc biệt quy định tại Điều 26 Luật Đấu thầu.
