Theo Bản kết luận điều tra, Nguyễn Đức Thái - cựu Chủ tịch NXB Giáo dục bị truy tố về tội "Nhận hối lộ" theo quy định tại Điều 364 Bộ luật hình sự năm 2015, sửa đổi bổ sung năm 2017.
Hai bị can Tô Ngọc Mỹ - Chủ tịch Công ty Phùng Vĩnh Hưng và Nguyễn Trí Minh - Giám đốc Công ty Giấy Minh Cường Phát, bị đề nghị truy tố về tội "Đưa hối lộ" theo quy định tại Điều 354 Bộ luật hình sự.
Các bị can khác, gồm: Nguyễn Thị Thanh Thủy - cựu Trưởng ban Kế hoạch Marketing NXB Giáo dục; Đinh Quốc Khánh - cựu Phó phòng in NXB Giáo dục; Phạm Gia Thạch - cựu Thành viên Hội đồng thành viên NXB Giáo dục; Hoàng Lê Bách và Lê Hoàng Hải - cùng là cựu Phó Giám đốc NXB Giáo dục; cùng bị truy tố về tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng theo quy định tại Điều 222 Bộ luật Hình sự.
Cơ quan điều tra xác định, mua sắm giấy in để phục vụ in sách giáo dục là hoạt động thường xuyên của NXB Giáo dục, sử dụng nguồn vốn sản xuất kinh doanh. Trước năm 2017, NXB Giáo dục đều áp dụng hình thức “Chào giá”, không thuộc các trường hợp theo quy định của Luật Đấu thầu để thực hiện mua sắm giấy in, đơn vị được lựa chọn ký hợp đồng cung cấp giấy là đơn vị báo giá thấp nhất.
Theo quy định tại Điều 1 và khoản 2 Điều 3 Luật Đấu thầu số 43/2013/QH13 ngày 26/11/2013 (viết tắt: Luật Đấu thầu), việc mua sắm giấy in của NXB Giáo dục không thuộc trường hợp bắt buộc phải thực hiện theo các hình thức của Luật Đấu thầu, NXB Giáo dục có thể tự ban hành quy định riêng về hoạt động mua sắm để áp dụng thống nhất trong doanh nghiệp.
Ngày 29/3/2017, Nguyễn Đức Thái được bổ nhiệm là Chủ tịch Hội đồng thành viên, kiêm đại diện pháp luật của NXB Giáo dục.
Theo đề nghị của Tô Mỹ Ngọc - Chủ tịch HĐQT Công ty Phùng Vĩnh Hưng và Nguyễn Trí Minh - Giám đốc Công ty Minh Cường Phát, Nguyễn Đức Thái đã chỉ đạo thực hiện việc lựa chọn mua sắm giấy in theo phương thức chào hàng cạnh tranh rút gọn trái quy định của Luật Đấu thầu để hạn chế sự tham gia của các nhà thầu có năng lực. Sau đó Thái còn tiết lộ thông tin trước khi phát hành hồ sơ yêu cầu, thông đồng và hợp thức hoá thủ tục đấu thầu để tạo điều kiện cho Công ty Phùng Vĩnh Hưng và Công ty Minh Cường Phát được cung cấp giấy in cho NXB Giáo dục.
Bản kết luận điều tra thể hiện, từ năm 2018 đến 2021, các công ty của Tô Mỹ Ngọc tham gia và trúng 10 gói thầu, tổng trị giá 1.593 tỷ đồng. Để cảm ơn, mỗi năm Tô Mỹ Ngọc đều mang 4 tỷ đồng đến biếu Nguyễn Đức Thái.
Trong 4 năm liên tiếp vào các dịp cuối năm hoặc đầu năm Dương lịch, Ngọc đều mang tiền mặt gồm 8 cọc, mỗi cọc 10 thếp tiền đến gặp "cảm ơn", rồi để tiền lại phòng làm việc của Thái.
Ngoài ra, vào các dịp Tết Nguyên đán 2018 - 2022, Tô Mỹ Ngọc đều tặng ông Thái mỗi lần 200 triệu đồng.
Đối với Công ty Giấy Minh Cường Phát mà Nguyễn Trí Minh làm Giám đốc, Thái đồng ý tạo điều kiện cho Công ty Minh Cường Phát được tiếp tục cung cấp giấy cho NXB Giáo dục. Sau đó, Công ty Minh Cường Phát được đưa vào danh sách ngắn, được tham dự và trúng một gói thầu. Đổi lại, bị can Minh "biếu" cựu chủ tịch NXB Giáo dục 400 triệu đồng kèm hộp bánh, chai rượu.
Để được trúng các gói thầu tiếp theo, bị can Minh còn nhiều lần hối lộ Nguyễn Đức Thái, tổng số hơn 4 tỉ đồng. Công ty Giấy Minh Cường Phát do vậy được trúng 5 gói thầu của NXB Giáo dục, tổng trị giá hơn 200 tỉ đồng.
Cơ quan tố tụng kết luận bị can Nguyễn Đức Thái - cựu Chủ tịch NXB Giáo dục, đã nhận hối lộ hơn 24 tỉ đồng từ hai bị can Tô Ngọc Mỹ và Nguyễn Trí Minh.