Phát biểu quan điểm luận tội, đại diện VKS đánh giá với các bị cáo bị xét xử về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, nhận thấy hành vi của các bị cáo đã xâm hại đến uy tín của Nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của tổ chức, cá nhân, tính đúng đắn trong công tác quản lý nhà nước; gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng.
Hành vi của các bị cáo có tính chất đồng phạm. Các bị cáo đều trực tiếp thực hiện hành vi phạm tội… Do đó, các bị cáo phải chịu trách nhiệm hình sự tương ứng với cương vị công tác, chức trách, nhiệm vụ được giao.
Trong vụ án này, bị cáo Vịnh chịu trách nhiệm chính, các bị cáo còn lại là người thực hành. Theo đó, đại diện VKS đề nghị HĐXX tuyên phạt bị cáo Vịnh mức án 5 - 6 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ trong khi thi hành công vụ”.
Ở nhóm tội “Vi phạm quy định về nghiên cứu, thăm dò, khai thác tài nguyên”, VKS xác định bị cáo Nguyễn Mạnh Thừa (Giám đốc Cty Lilama) là người trực tiếp chỉ đạo, tổ chức khai thác, tiêu thụ trái phép hơn 1,5 triệu tấn quặng Apatit các loại ở khu vực 5.99ha thuộc Khai trường 18, trị giá hơn 610 tỷ đồng. Thừa là người phải chịu trách nhiệm chính về tội danh này, nên VKS đề nghị HĐXX tuyên phạt mức án từ 7 - 8 năm 6 tháng tù về hai tội “Vi phạm quy định về nghiên cứu, thăm dò, khai thác tài nguyên” và “Rửa tiền”.
Các bị cáo còn lại bị đề nghị tuyên phạt mức án từ 2 đến 4 năm tù theo đúng tội danh bị truy tố. Trong đó, nhiều bị cáo được đề nghị cho hưởng án treo do nhân thân tốt, không có tình tiết tăng nặng, thành khẩn khai báo, lập nhiều công lao trong quá trình công tác.