Khu LHTTQG Mỹ Đình là đơn vị sự nghiệp tự chủ tài chính. Trong quá trình hoạt động đã triển khai các dự án liên doanh, liên kết có thời hạn với các đơn vị tại một số khu đất lưu không và ký các hợp đồng cho thuê mặt bằng ngắn hạn tại các khu đất quy hoạch xây dựng nhưng chưa triển khai.
Theo quy định pháp luật, Khu LHTTQG Mỹ Đình phải sử dụng đất đúng theo các quy định của Luật đất đai và các văn bản hướng dẫn thi hành. Khi phát sinh các hoạt động kinh doanh và sử dụng đất không đúng Quyết định giao đất, Hợp đồng thuê đất của cơ quan nhà nước có thẩm quyền thì phải báo cáo và tuân theo các trình tự, thủ tục pháp luật về đất đai quy định.
Sau khi được cơ quan nhà nước có thẩm quyền quản lý về đất đai chấp thuận, đơn vị có trách nhiệm thực hiện kê khai và nộp nghĩa vụ tài chính phát sinh theo quy định của Luật Quản lý thuế. Tuy nhiên, do nhiều nguyên nhân, Khu LHTTQG Mỹ Đình đã không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ, kịp thời các quy định của pháp luật.
Trong quá trình quản lý thuế, cơ quan thuế đã đề nghị Khu LHTTQG Mỹ Đình giải trình, cung cấp các Hợp đồng liên doanh, liên kết, cho thuê. Trên cơ sở các tài liệu đơn vị cung cấp, Cục Thuế TP. Hà Nội đã phối hợp với các Sở, ngành của Thành phố hướng dẫn, đôn đốc, yêu cầu đơn vị thực hiện theo các quy định của pháp luật. Cơ quan Thuế cũng đã ban hành các thông báo thu tiền thuê đất, truy thu tiền thuê đất đối với đơn vị. Đồng thời, khi Khu LHTTQG Mỹ Đình không chấp hành nộp, từ năm 2018 đến nay, cơ quan Thuế đã nhiều lần áp dụng các quyết định cưỡng chế theo đúng quy định của pháp luật về quản lý thuế.
Trước đó, ngày 23/4/2019, Thanh tra Chính Phủ ban hành quyết định số 288/QĐ – TTCP về việc thanh tra toàn diện việc chấp hành quy định của pháp luật về công tác quản lý, sử dụng đất đai, tài sản công tại Khu LHTTQG Mỹ Đình.
Ngay khi có Kết luận thanh tra, Cục Thuế TP. Hà Nội đã có văn bản tham mưu UBND TP. Hà Nội chỉ đạo các Sở, ngành tiếp tục phối hợp với cơ quan Thuế trong việc đôn đốc Khu LHTTQG Mỹ Đình nộp tiền thuê đất còn nợ đọng theo thông báo truy thu, thông báo nộp của cơ quan Thuế. Đồng thời đã ban hành ngay văn bản chỉ đạo các đơn vị thuộc và trực thuộc Cục Thuế TP Hà Nội triển khai thực hiện các nội dung cơ quan thanh tra kiến nghị.
