Tiếp tục thực hiện chương trình cổ phần hóa các doanh nghiệp Nhà nước, đến cuối tháng 9/2016, Bộ GTVT cho hay đã hoàn thành quyết toán, bàn giao vốn Nhà nước sang công ty cổ phần đối với 12 công ty cổ phần bao gồm10 công ty hoạt động trong lĩnh vực quản lý bảo trì đường thủy nội địa, công ty Tracimexco và Cienco1.
Đôi với lĩnh vực hàng không, phía Tổng công ty Cảng hàng không Việt Nam - CTCP (ACV) cũng đã hoàn thành việc chuyển sang hoạt động theo mô hình công ty cổ phần từ đầu tháng 4/2016 và Tập đoàn ADP cũng đã được phê duyệt là nhà đầu tư chiến lược của ACV; ngoài ra, Bộ GTVT cũng phê duyệt ANA Airlines (Nhật Bản) là cổ đông chiến lược của Tổng công ty Hàng không Việt Nam - CTCP (Vietnam Airlines) và ANA Airlines đã chính thức trở thành cổ đông chiến lược của Vietnam Airlines từ tháng 7/2016.
Tiếp đó, Bộ này cũng chỉ đạo công ty mẹ - Tổng công ty Hàng hải Việt Nam chuẩn bị các bước triển khai xác định lại giá trị doanh nghiệp theo quy định của pháp luật và tiếp tục nghiên cứu, hoàn thiện phương án sau khi có ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ. Còn Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) đang hoàn thiện hồ sơ bổ sung vốn điều lệ gửi Bộ Tài chính chấp thuận theo quy định.
Đặc biệt, Bộ GTVT cũng đang nghiên cứu, xây dựng các phương án tái cơ cấu Tổng công ty Đầu tư phát triển và Quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long (CIPM) đảm bảo mô hình hoạt động phù hợp với quy định của pháp luật về tổng công ty Nhà nước. CIPM là một đơn vị thuộc Bộ này vừa có biến động lớn về mặt nhân sự khi cùng lúc cả Chủ tịch và Tổng Giám đốc doanh nghiệp này đã xin chuyển công tác khác hoặc thôi việc.
Tính đến nay, Bộ GTVT cũng hoàn thành thoái toàn bộ vốn Nhà nước tại 4 Tổng lớn của ngành (Cienco 6, TEDI, Vận tải thủy, Vinamotor) và thoái 23,18% vốn điều lệ tại Tổng công ty Xây dựng công trình giao thông 5 - CTCP (Cienco5) với tổng giá trị thu nộp về Quỹ Hỗ trợ sắp xếp và Phát triển doanh nghiệp tại Tổng công ty Đầu tư và Kinh doanh vốn nhà nước (SCIC) là 2.039 tỷ đồng, bằng 134% giá trị mệnh giá; các Tổng công ty thuộc Bộ hoàn thành thoái vốn tại 13 công ty cổ phần với tổng giá trị thu về trên 238,9 tỷ đồng...
Hoàn thành việc chuyển giao quyền đại diện sở hữu nhà nước tại Tổng công ty Thăng Long - CTCP sang SCIC và đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định việc chuyển giao đối với 3 Tổng công ty Cienco 5, Cienco 8, Xây dựng đường thủy; Công ty Tracimexco và 8 Công ty cổ phần Quản lý bảo trì đường thủy nội địa.
Với kết quả đạt được trong việc tái cơ cấu một số đơn vị doanh nghiệp, Bộ GTVT tiếp tục chỉ đạo cổ phần hóa các đơn vị sự nghiệp công lập. Theo đó, Bộ này đã thành lập Ban chỉ đạo cổ phần hóa, phê duyệt đơn vị tư vấn và thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hóa đối với 2 Bệnh viện GTVT Vinh, Đà Nẵng và 2 Trường thuộc Bộ là Học viện Hàng không và Trung cấp nghề Thăng Long.
Trong tháng 8/2016, Bộ GTVT đã phê duyệt việc điều chỉnh thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hóa đối với Học viện Hàng không Việt Nam là ngày 31/3/2016 và đối với Trường Trung cấp nghề GTVT Thăng Long là ngày 30/6/2016.
Theo kế hoạch, từ nay đến cuối năm, Bộ GTVT sẽ tiếp tục thoái vốn đầu tư ngoài ngành, không thuộc diện phải nắm giữ theo chỉ đạo của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ tại các Tổng công ty Đường sắt Việt Nam, Bảo đảm an toàn hàng hải miền Bắc, Bảo đảm an toàn hàng hải miền Nam, Hàng hải Việt Nam, Hàng không Việt Nam, Cửu Long, VEC, Trường Đại học Hàng hải Việt Nam.