Cụ thể, chỉ xem xét hỗ trợ từ ngân sách trung ương đối với những địa phương đã xảy ra hạn hán, thiếu nước, xâm nhập mặn nghiêm trọng (Thủ tướng Chính phủ có văn bản chỉ đạo hoặc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành Chỉ thị), khó khăn về ngân sách, có đề nghị bằng văn bản của UBND cấp tỉnh.
Ngân sách trung ương hỗ trợ các địa phương và các tổ chức khai thác công trình thủy lợi trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tiền điện, dầu thực hiện bơm nước vượt định mức; nạo vét các cửa lấy nước của các công trình đầu mối thủy lợi và hệ thống kênh mương; lắp đặt trạm bơm dã chiến (trường hợp thực sự cần thiết).
Đối với địa phương thuộc khu vực Trung Bộ, Tây Nguyên và Đồng bằng sông Cửu Long được hỗ trợ thêm kinh phí khi phải thực hiện kéo dài đường ống cấp nước sạch; mua thiết bị trữ nước hỗ trợ cho người dân, lọc nước mặn thành nước ngọt, chở nước sinh hoạt cho người dân, bệnh viện, trường học tại vùng khó khăn về nguồn nước ngọt. Riêng khu vực Trung Bộ và Đồng bằng sông Cửu Long còn được hỗ trợ bổ sung kinh phí đắp đập tạm ngăn mặn, trữ ngọt.
Về cơ chế hỗ trợ từ ngân sách trung ương, các địa phương thuộc các tỉnh khu vực miền núi, Tây Nguyên được ngân sách trung ương hỗ trợ tối đa không vượt quá 70% mức thực chi. Các địa phương chưa tự cân đối được ngân sách còn lại được ngân sách trung ương hỗ trợ tối đa không vượt quá 30% hoặc 50% mức thực chi.
Tỷ lệ số bổ sung cân đối/tổng chi cân đối ngân sách địa phương xác định theo dự toán thu, chi ngân sách nhà nước hằng năm được Quốc hội quyết định, Thủ tướng Chính phủ giao. Với các địa phương có điều tiết các khoản thu phân chia về ngân sách trung ương, chủ động sử dụng ngân sách địa phương để thực hiện các nhiệm vụ, giải pháp phòng, chống, khắc phục hậu quả hạn hán, thiếu nước, xâm nhập mặn.
