Các đối tượng đã tự nguyện nộp tiền hoặc tác động gia đình nộp tiền, tài sản để khắc phục hậu quả. Cụ thể, Chủ tịch Việt Á Phan Quốc Việt đã khắc phục 200 triệu đồng; Vũ Đình Hiệp (Phó TGĐ Việt Á) khắc phục 25 triệu đồng. Phan Quốc Việt có đơn đề nghị sử dụng tiền, tài sản của mình đang bị tạm giữ, kê biên để khắc phục toàn bộ hậu quả vụ án.
Đối tượng Trịnh Thanh Hùng (cựu Phó Vụ trưởng Vụ KH&CN) khắc phục 8 tỷ đồng và 8 sổ tiết kiệm trị giá hơn 3,9 tỷ đồng. Cựu Bộ trưởng Y tế Nguyễn Thanh Long nhận hối lộ 2,25 triệu USD (tương đương hơn 51 tỷ đồng), đã khắc phục 2,22 triệu USD.
Bị cáo Nguyễn Huỳnh (cựu Phó Trưởng Phòng Quản lý giá thuốc, Cục Quản lý Dược, Bộ Y tế; nguyên Thư ký Thứ trưởng Bộ Y tế) nhận hối lộ hơn 53 tỷ đồng, trong đó, chuyển cho Nguyễn Thanh Long hơn 49 tỷ đồng và sử dụng cá nhân 4 tỷ đồng. Đến nay đã khắc phục 4 tỷ đồng.
Đối tượng Nguyễn Nam Liên (cựu Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính, Bộ Y tế) nhận hối lộ 100.000 USD (tương đương hơn 2,3 tỷ đồng), đã khắc phục toàn bộ số tiền trên. Nguyễn Minh Tuấn (nguyên Vụ trưởng Vụ Trang thiết bị và Công trình y tế, Bộ Y tế) nhận hối lộ 300.000 USD (tương đương hơn 6,9 tỷ đồng), đã khắc phục toàn bộ số tiền trên.
Chu Ngọc Anh (nguyên Bộ trưởng Bộ KH&CN), Phạm Công Tạc (cựu Thứ trưởng Bộ KH&CN) gây thiệt hại tài sản Nhà nước với số tiền 18,98 tỷ đồng. Trong đó Chu Ngọc Anh đã khắc phục 1 tỷ đồng; Phạm Công Tạc đã khắc phục 80 triệu đồng.
Ngoài ra, một số bị can khác cũng đã nộp tiền khắc phục hậu quả.
Đối với một số cá nhân tại Bộ KH&CN, cáo trạng của VKSND tối cao cho rằng, những người này có trách nhiệm liên quan trong việc quản lý, khen thưởng, thông tin tuyên truyền đề tài. Nhưng họ không được ai can thiệp, tác động; không can thiệp, tác động hoặc thông đồng, thỏa thuận với đơn vị, cá nhân nào; không được hưởng lợi nên CQĐT không xem xét trách nhiệm hình sự, kiến nghị xử lý theo quy định về Đảng, chính quyền là phù hợp.
Ông Nguyễn Trường Sơn (Thứ trưởng Bộ Y tế) đã ký 2 quyết định cấp số đăng ký lưu hành tạm thời và chính thức cho test xét nghiệm để Cty Việt Á sản xuất, bán thương mại thu lời bất chính, gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước.
Tuy nhiên, đây không phải lĩnh vực ông Sơn phụ trách. Ông Sơn không thông đồng, thỏa thuận để làm lợi cho Cty Việt Á; không có động cơ vụ lợi hoặc động cơ cá nhân khác. Ông Nguyễn Trường Sơn đã bị Ủy ban Kiểm tra Trung ương và Thủ tướng ra quyết định kỷ luật.
VKSND tối cao cho rằng, việc CQĐT vận dụng các quy định của pháp luật miễn trách nhiệm cho ông Nguyễn Trường Sơn là có căn cứ.
Liên quan đến vụ án, ông Trương Quốc Cường (cựu Thứ trưởng Bộ Y tế) là Chủ tịch Hội đồng cấp số đăng ký lưu hành đã thiếu kiểm tra trong việc cấp số đăng ký lưu hành, giá hiệp thương nhưng không thông đồng; không có động cơ vụ lợi, động cơ cá nhân. Các vi phạm trên, trách nhiệm chính thuộc về ông Nguyễn Thanh Long và các bị can nên theo VKSND tối cao, việc CQĐT không xem xét với ông Cường là phù hợp.
Đối với hai cá nhân tại Bộ Tài chính có liên quan đến Hiệp thương giá, kiểm tra giá hiệp thương nhưng việc hiệp thương thành thuộc trách nhiệm của Bộ Y tế. Khi kiểm tra hiệp thương, hai người này đã đề nghị Trưởng đoàn kiểm tra chi phí, không thông đồng, không có động cơ vụ lợi, chủ động khai báo, tích cực hợp tác để làm rõ bản chất vụ án nên VKSND Tối cao khẳng định, việc CQĐT không xem xét với hai người này là phù hợp.
Với một số cá nhân ở CDC Hải Dương có vai trò, nhiệm vụ khác nhau đã tham gia ứng trước test xét nghiệm và hợp thức hồ sơ đấu thầu để thanh toán tiền cho Cty Việt Á, được Phạm Duy Tuyến (Giám đốc CDC Hải Dương) đưa tổng cộng 1,82 tỷ đồng. VKSND tối cao cho rằng, những người này đều là cấp dưới phải thực hiện theo chỉ đạo của cấp trên, không biết, không thông đồng với Cty Việt Á, không biết việc Tuyến thỏa thuận % ngoài hợp đồng, đã chủ động khai báo, nộp lại toàn bộ số tiền đã nhận, đã bị xử lý kỷ luật về mặt Đảng nên CQĐT Bộ Công an phân hóa trách nhiệm, miễn trách nhiệm hình sự là phù hợp.
Với bà Nguyễn Thị Hiền (Chủ tịch HĐQT, TGĐ Công ty Thẩm định giá VCHP) và bà Phí Thị Mai (Phó TGĐ) đã ký ban hành chứng thư mà không kiểm tra, rà soát, nhưng không thông đồng để bảo vệ đơn giá, không được hưởng lợi nên theo VKSND tối cao; việc CQĐT Bộ Công an phân hóa trách nhiệm, miễn trách nhiệm hình sự là phù hợp.
Quá trình điều tra vụ án, CQĐT còn xác định dấu hiệu sai phạm của một số cá nhân liên quan. Nhưng do thời hạn điều tra vụ án đã hết, CQĐT tách thông tin, tài liệu liên quan đến hành vi sai phạm của các cá nhân này để tiếp tục điều tra, xử lý sau.
