Trước đó, cựu Đại tá Phùng Anh Lê bị khởi tố về tội "Tha trái pháp luật người bị bắt, người đang bị tạm giữ tạm giam, người đang chấp hành án phạt tù" nhưng bị CQĐT VKSNDTC đổi tội danh sang "Nhận hối lộ".
Cũng trong vụ án này, 3 thuộc cấp của Lê gồm: Nguyễn Đức Châu (cựu Đội trưởng Đội Cảnh sát hình sự - CAQ Tây Hồ), Vũ Công Ngọc (cựu Đội phó Đội CSHS - CAQ Tây Hồ) và Lê Đình Trung (cựu Đội phó Đội Cảnh sát thi hành án hình sự và hỗ trợ tư pháp - CAQ Tây Hồ) bị truy tố tội "Tha trái pháp luật người bị bắt, người đang bị tạm giữ tạm giam, người đang chấp hành án phạt tù".
Theo cáo trạng, ngày 22/9/2016, Nguyễn Hữu Tài đến Công an quận Tây Hồ đầu thú về hành vi cùng đồng phạm bắt giữ và đánh anh Nguyễn Công Thành xảy ra ngày 19/9/2016 tại phường Yên Phụ (Tây Hồ, Hà Nội).
Khoảng 21h10 cùng ngày, Tài bị đưa vào Nhà tạm giữ Công an quận. Do lo sợ Tài bị xử lý, người nhà của Tài đã nhờ người quen của Lê kết nối giúp cho Tài được hòa giải với bị hại, không bị xử lý. Người này đã đặt vấn đề và được Lê đồng ý giúp với yêu cầu phải đưa cho Lê 110 triệu đồng để hòa giải, bồi thường.
Trong tối ngày 22/9/2016, tại khu vực vỉa hè đối diện trụ sở Công an quận Tây Hồ, người nhà của Tài đã đưa bọc tiền 103 triệu đồng cho người họ hàng của Lê. Người này cho mượn thêm 7 triệu đồng rồi cầm trên tay bọc tiền 110 triệu đồng một mình đi vào phòng làm việc của Lê tại trụ sở Công an quận Tây Hồ, đưa cho Lê 110 triệu đồng theo yêu cầu của Lê để hòa giải bồi thường và không xử lý với Tài.
Sau khi nhận tiền, Lê đã chỉ đạo Châu gọi Ngọc mang hồ sơ đến báo cáo Lê việc tạm giữ Tài. Sau đó, Lê chỉ đạo Trung bàn giao Tài cho Ngọc để tha cho về không có căn cứ, không có quyết định hủy bỏ quyết định tạm giữ theo thủ tục tố tụng hình sự.
Theo cáo trạng, Lê không thành khẩn khai báo về hành vi phạm tội, ngoan cố chối tội, đổ lỗi cho cấp dưới; không thừa nhận việc chiếm hưởng số tiền 110 triệu đồng để tha Tài trái pháp luật.
Khi Công an Hà Nội phát hiện và điều tra, xử lý vụ án Nguyễn Hữu Tài cùng đồng phạm "Cướp tài sản", nhằm che giấu hành vi nhận tiền để tha người trái pháp luật của mình, Lê cùng vợ đã chủ động đến gặp ông Nguyễn Lê Tuân (thời điểm đó là Phó Đội trưởng Đội điều tra tổng hợp, Công an quận Tây Hồ) và người đưa tiền.
Cáo trạng nêu, mục đích Lê gặp 2 người trên để trao đổi về nội dung vụ việc liên quan đến Tài, qua đó chủ động đưa vào cuộc nói chuyện các thông tin làm mờ hành vi của mình rồi ghi âm lại.
Ngoài ra, theo cơ quan tố tụng, Lê còn yêu cầu người đưa tiền viết thư xin lỗi để nộp cho CQĐT nhằm chứng minh mình không phạm tội. Tuy nhiên, nội dung các tài liệu này không có tính khách quan, không phù hợp với các chứng cứ, tài liệu khác có trong hồ sơ nên không có cơ sở xem xét.
VKSNDTC khẳng định, kết quả điều tra có đủ căn cứ xác định Lê đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn, vị trí công tác, chủ động gợi ý nhận hối lộ số tiền 110 triệu đồng và trực tiếp chỉ đạo cấp dưới thực hiện tha trái pháp luật với Tài khi đang trong thời gian thi hành quyết định tạm giữ.
Sau đó, Lê chỉ đạo cấp dưới dừng việc giải quyết nguồn tin về tội phạm khi Công an quận Tây Hồ đang thụ lý, giải quyết vụ việc theo thủ tục tố tụng hình sự và cho hòa giải, bồi thường giữa Tài với bị hại.
Trong vụ án này, Lê giữ vai trò chính, là chủ mưu, có động cơ vụ lợi, đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn chỉ đạo toàn bộ vụ việc tha trái pháp luật và không xử lý hình sự với người phạm tội.
Nội dung cáo trạng thể hiện, hồi tháng 9/2021, khi Công an TP Hà Nội phát hiện và điều tra, xử lý vụ án của Tài cùng đồng phạm về tội Cướp tài sản, Lê và vợ đã chủ động đến gặp ông Nguyễn Lê Tuân, ông Phùng Văn Bảy (họ hàng của Lê, đồng thời là người nhờ Lê giúp đỡ Tài hòa giải với bị hại) nói chuyện nhằm che giấu hành vi nhận tiền để tha người trái pháp luật của mình.
Tại buổi nói chuyện, vợ chồng Lê đã chủ động đưa vào cuộc nói chuyện thông tin làm mờ hành vi phạm tội của mình rồi ghi âm lại.
Bên cạnh đó, vợ Lê bị xác định là người đọc cho ông Bảy viết thư xin lỗi chồng mình; hướng dẫn ông Bảy trình bày theo hướng Công an TP Hà Nội "ép cung, mớm cung" khi điều tra vụ việc.
Làm việc với CQĐT, ông Bảy cho hay, xin lỗi Lê vì nhờ vả nhưng sau đó lại gây ảnh hưởng xấu cho ông Lê; đồng thời cho biết, lá thư trên là do lo sợ các nội dung mình khai báo sẽ làm ảnh hưởng đến gia đình, họ hàng. Sau đó, ông đã xin giữ nguyên lời khai về việc nhờ, đưa tiền cho Lê để tha, không xử lý hình sự Tài.
VKSNDTC đánh giá, lá thư xin lỗi Phùng Anh Lê của ông Bảy không có tính khách quan, không phù hợp chứng cứ, tài liệu khác nên không có cơ sở xem xét. Kết quả điều tra đủ căn cứ khẳng định Lê đã nhận số tiền 110 triệu đồng.
Về phía Tài, năm 2021, Công an Hà Nội phát hiện hành vi phạm tội của Tài chưa bị xử lý nên đã khởi tố, điều tra. Sau đó, tòa án tuyên phạt Tài 24 tháng tù giam về tội "Cướp tài sản".