Báo cáo của Chính phủ, cho thấu quyết toán thu cân đối ngân sách nhà nước (NSNN) năm 2012 là 1.058.140 tỷ đồng, trong đó các khoản thu theo dự toán được Quốc hội quyết định là 754.572 tỷ đồng, tăng 1,9% (14.072 tỷ đồng) so với dự toán và tăng 11.382 tỷ đồng so với số đã báo cáo Quốc hội tại kỳ họp thứ năm.
Tuy nhiên, do chưa tính đủ số tiền hoàn thuế nên thực chất thu NSNN năm 2012 không đạt dự toán được Quốc hội quyết định, một số khoản thu quan trọng không đạt dự toán được giao, nguồn thu chưa ổn định, vững chắc.
Trong điều kiện thu ngân sách tăng thấp thì chi quản lý hành chính tại hầu hết các địa phương đều vượt dự toán (tăng 12,5%, tương đương 9.924 tỷ đồng). Trong đó có 20/34 tỉnh được kiểm toán có chi quản lý hành chính vượt trên 30% so với dự toán đầu năm.
Một số địa phương chi hỗ trợ không đúng chế độ quy định, một số địa phương hụt thu nhưng không thực hiện hoặc thực hiện không triệt để việc rà soát, cắt giảm nhiệm vụ chi theo quy định của Luật NSNN.
Chi thường xuyên năm 2012 vượt dự toán nhưng một số khoản chi quan trọng lại thực hiện thấp hơn dự toán được Quốc hội quyết định, ảnh hưởng đến thực hiện mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội và gây lãng phí nguồn lực NSNN. Một số "điểm nóng" còn chưa được chi đủ như: chi giáo dục đào tạo và dạy nghề đạt 93,5% dự toán, chi sự nghiệp y tế, dân số và kế hoạch hoá gia đình đạt 96,4% dự toán, chi sự nghiệp khoa học, công nghệ đạt 82,7% dự toán, chi sự nghiệp kinh tế đạt 97,1% dự toán, chi chương trình mục tiêu quốc gia đạt 88% dự toán.
UBTCNS cũng nhận định việc chi đầu tư xây dựng cơ bản còn thất thoát, lãng phí, sai phạm trong quản lý đầu tư xây dựng vẫn nhiều, nợ đọng khối lượng xây dựng cơ bản đã hoàn thành lớn, số dự án đầu tư hoàn thành chưa quyết toán tồn đọng nhiều; Chi cho chương trình mục tiêu quốc gia hiệu quả chưa cao.
Hiện tượng sử dụng sai kinh phí, sai đối tượng, sai mục đích, phân bổ vốn không kịp thời, tỷ lệ giải ngân thấp vẫn xảy ra, trong đó có một số chương trình đang là vấn đề bức thiết như giảm nghèo bền vững, ô nhiễm môi trường, việc làm…
