Trước đó, ngày 10/8/2018, Văn phòng Chính phủ có Văn số 7599 truyền đạt ý kiến của Phó Thủ tướng Thường trực Trương Hòa Bình về xử lý đơn thư tố cáo tiêu cực, vi phạm trong đầu tư xây dựng tại Trường ĐH Y Hà Nội.
Theo công văn này, Phó Thủ tướng chỉ đạo: Đơn tố cáo không ghi cụ thể họ, tên, địa chỉ và không có chữ ký của người tố cáo nhưng có nội dung cụ thể, rõ ràng nên có cơ sở để xử lý theo quy định tại Điều 19 Thông tư số 07 ngày 31/10/2014 của Thanh tra Chính phủ. Yêu cầu Bộ trưởng Bộ Y tế chỉ đạo xác minh, làm rõ các nội dung tố cáo, kết luận chính xác, khách quan báo cáo Thủ tướng Chính phủ.
Trên cơ sở chỉ đạo này, căn cứ nội dung tố cáo trong đơn cùng các tài liệu liên quan, Bộ Y tế đã thành lập đoàn thanh tra xác minh nội dung tố cáo về việc sai phạm trong quản lý đầu tư xây dựng tại Trường ĐH Y Hà Nội. Có 6 nội dung tố cáo đã được xác minh làm rõ, gồm: Tố cáo vi phạm Luật Quy hoạch, cấp phép xây dựng, Luật Xây dựng; tố cáo sai phạm trong quản lý môi trường; tố cáo công trình xây dựng 2 tòa nhà liền kề hai đầu hồi nhà A5; tố cáo công trình xây mới giảng đường 6 tầng bên cạnh giảng đường Hồ Đắc Di chạy dọc theo đầu nhà B1, B2, B3; tố cáo công trình cải tạo nhà A2, Bệnh viện ĐH Y; tố cáo công trình xây mới tòa nhà bệnh viện A2B, phía sau nhà A2.
Theo Kết luận số 1310 do Thứ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Việt Tiến ký ban hành ngày 28/11/2018, trong 6 nội dung tố cáo thì có 2 nội dung tố cáo không đúng, 4 nội dung tố cáo không có cơ sở.
Đối với công trình xây dựng 2 tòa nhà liền kề hai đầu hồi nhà A5, Bộ Y tế cho biết: Qua xác minh, Trường ĐH Y Hà Nội lập 3 dự án xây dựng, cải tạo 2 đơn nguyên (3 báo cáo kinh tế kỹ thuật đầu tư xây dựng) trình cấp thẩm quyền quyết định đầu tư là Bộ Y tế phê duyệt với tổng kinh phí được duyệt cả 3 dự án là hơn 30 tỷ đồng (không phải như đơn tố cáo tổng mức đầu tư 2 tòa nhà là 60 tỷ đồng). Chủ đầu tư đã thực hiện quyết định của cấp có thẩm quyền (Bộ Y tế). “Việc đầu tư cải tạo, nâng cấp công trình theo phân kỳ đầu tư được Bộ Y tế phê duyệt, không chia nhỏ báo cáo đầu tư. Như vậy nội dung tố cáo này không có cơ sở”- Kết luận nêu.
Đối với công trình xây mới giảng đường 6 tầng bên cạnh giảng đường Hồ Đắc Di, Bộ Y tế kết luận: Các công trình xây dựng, cải tạo giảng đường trong phạm vi mặt bằng các nhà B1, B2, B3 là công trình xây dựng cải tạo, nâng cấp, sau khi hoàn thành đã hợp khối liên thông với 3 nhà cũ không phải là công trình xây dựng mới 6 tầng, độc lập, tách rời.
Dự án đầu tư xây dựng cải tạo công trình gồm 10 dự án được lập báo cáo kinh tế kỹ thuật đầu tư xây dựng công trình Bộ Y tế phê duyệt có tổng giá trị là hơn 101 tỷ đồng. Trường ĐH Y Hà Nội lập 10 dự án chứ không phải “9 gói thầu”; đơn tố cáo nêu 9 gói thầu gồm: Các gói thầu hạng mục xây thô, các gói thầu hạng mục hoàn thiện, các gói thầu hạng mục nội thất, các gói thầu hạng mục mua sắm… là không đúng, thực tế chỉ có 2 loại gói thầu là xây lắp và cung cấp lắp đặt nội thất, trang thiết bị công trình, không có gói thầu mua sắm. Bộ Y tế kết luận, nội dung đơn tố cáo ông Tạ Văn Khoái đã chỉ đạo lập thành 9 bộ báo cáo đầu tư (9 gói thầu) là không có cơ sở.
Cũng theo kết luận của Bộ Y tế, về nội dung tố cáo việc đầu tư sai phạm Luật Xây dựng với tổng mức đầu tư là 45 tỷ đồng đối với công trình cải tạo nhà A2 là không đúng. Thực tế tổng giá trị của 3 dự án là 34,6 tỷ đồng. Về nội dung tố cáo việc tách các gói thầu để cho một đơn vị trúng thầu: Qua xem xét kế hoạch lựa chọn nhà thầu, hồ sơ mời thầu, hồ sơ dự thầu của các dự án chưa thấy biểu hiện chia nhỏ các gói thầu để cho một nhà thầu trúng thầu. Vì vậy, nội dung tố cáo này không có cơ sở.
Cũng theo Bộ Y tế, Trường ĐH Y Hà Nội đang tiếp tục triển khai xây dựng cải tạo trên mặt bằng nhà khám-làm việc 2 tầng sau nhà A2 và hành lang cầu nối nhà A2-B2 với diện tích xây dựng trên 1500m2 trong khuôn viên của trường. Việc xây dựng cải tạo, nâng cấp 2 đơn nguyên với các công trình đã có nhằm hợp khối, phát huy hiệu quả sử dụng công trình với tổng cộng kinh phí 4 dự án 59,4 tỷ đồng không phải tổng mức đầu tư trên 400 tỷ đồng như nội dung đơn. Trường ĐH Y Hà Nội lập 4 dự án để trình Bộ Y tế quyết định đầu tư, trường đã tổ chức thực hiện theo quyết định của Bộ Y tế về việc phân kỳ đầu tư cải tạo nâng cấp công trình không chia nhỏ báo cáo đầu tư. Vì thế, Bộ Y tế kết luận nội dung tố cáo này cũng là không có cơ sở.