Theo Bộ Tài chính, việc thu thuế hay không truy thu thuế nhà thầu từ Formosa, cần phải xem xét đầy đủ về căn cứ pháp lý cũng như căn cứ thực tế; được phân làm 2 nhóm:
Trường hợp hàng hoá là máy móc, thiết bị được cung cấp theo hợp đồng dưới hình thức điểm giao nhận hàng hoá nằm trong lãnh thổ Việt Nam; hoặc việc cung cấp hàng hóa có kèm theo các dịch vụ tiến hành tại Việt Nam như lắp đặt, chạy thử, bảo hành, bảo dưỡng, thay thế, các dịch vụ khác đi kèm với việc cung cấp hàng hoá: căn cứ quy định đối với đối tượng chịu thuế GTGT tại Khoản 2, Điều 6, Thông tư 60/2012/TT-BTC ngày 12/4/2012 của Bộ Tài chính (hướng dẫn thực hiện nghĩa vụ thuế áp dụng đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam hoặc có thu nhập tại Việt Nam) phải chịu thuế nhà thầu đối với các dịch vụ lắp đặt, chạy thử, bảo hành, bảo dưỡng… nhà thầu nước ngoài thực hiện ở Việt Nam.
Đối với trường hợp tổ chức, cá nhân nước ngoài thực hiện cung cấp hàng hóa là máy móc, thiết bị cho tổ chức, cá nhân Việt Nam không kèm theo các dịch vụ được thực hiện giao hàng tại cửa khẩu Việt Nam (người bán chịu mọi trách nhiệm, chi phí, rủi ro liên quan đến hàng hóa cho đến điểm giao hàng tại cửa khẩu Việt Nam; người mua chịu mọi trách nhiệm, chi phí, rủi ro liên quan đến việc nhận hàng, chuyên chở hàng từ cửa khẩu Việt Nam) thì theo Điều 4, Thông tư 60/2012/TT-BTC ngày 12/4/ 2012 của Bộ Tài chính thuộc đối tượng không áp dụng thu thuế nhà thầu.
Thực tế từ đầu năm 2015, Bộ Tài chính cũng đã chỉ đạo Tổng cục Thuế, Tổng cục Hải quan thực hiện thanh tra việc chấp hành pháp luật về thuế có liên quan đến máy móc, thiết bị nhập khẩu để lắp đặt và thi công công trình của Formosa, trong đó có dịch vụ lắp đặt này, cơ quan Thuế và Hải quan đã thực hiện truy thu bao gồm cả thuế nhà thầu và xử phạt, trong tổng số xử lý bao gồm cả khoản không hoàn thuế GTGT là gần 250 tỷ đồng, không chấp nhận việc nâng giá trị công trình 4.000 tỷ đồng.
Đối với máy móc, thiết bị nhập khẩu mà nhà đầu tư nhập khẩu theo điều kiện chuyển giao quyền sở hữu tại cửa khẩu chỉ kèm theo nghĩa vụ bảo hành là nghĩa vụ của người bán, không kèm theo bất cứ dịch vụ gì khác ở Việt Nam thì việc không thu thuế nhà thầu (176 tỷ) đối với đối tượng này là đúng quy định tại Điều 4, phần Quy định chung, Thông tư 60/2012/TT-BTC ngày 12/4/2012 của Bộ Tài chính và phù hợp thực tế do không phát sinh dịch vụ lắp đặt của nhà thầu nước ngoài tại Việt Nam.
Trước đó, trên một số phương tiện thông tin đại chúng đã cho rằng Bộ Tài chính đã “miễn nhầm” khi không truy thu 176 tỷ đồng thuế nhà thầu đối với Formosa để hỗ trợ sau sự cố năm 2014 nhưng thực chất đây là phần thuế thuộc trách nhiệm của nhà thầu không liên quan, mà Formosa đúng ra chỉ là đơn vị khấu trừ và nộp hộ.
Thông tin được Tổng cục thuế đưa ra hôm 31/8, từ năm 2009 đến nay, cơ quan thuế đã tiếp nhận hồ sơ và hoàn thuế cho Formosa 14.617 tỷ đồng. Đại diện Tổng cục thuế khẳng định, việc hoàn thuế cho Formosa thực hiện đúng theo quy định của pháp luật.
