Trước đó, UBND tỉnh Kiên Giang đã có quyết định đình chỉ chức vụ Tổng giám đốc Công ty TNHH MTV Du lịch - Thương mại Kiên Giang (KTC) đối với ông Linh; đồng thời điều về Sở Nội vụ tỉnh Kiên Giang để kiểm điểm trách nhiệm liên quan đến một loạt sai phạm về kinh tế tại Công ty này trong thời gian ông giữ chức vụ Tổng Giám đốc.
Thứ trưởng Bộ Nội vụ Nguyễn Duy Thăng đã ký văn bản phê bình nghiêm khắc Ban Chấp hành VFA vì vi phạm các quy định về bầu cử chức vụ Chủ tịch VFA tại cuộc họp Ban Chấp hành ngày 20/3/2014; không thực hiện ý kiến chỉ đạo của Bộ Nội vụ về hủy kết quả bầu cử trái quy định.
Ngày 20/3/2014, ông Trương Thanh Phong, nguyên Tổng giám đốc Tổng Công ty Lương thực miền Nam, dù không còn là đại diện hợp pháp của doanh nghiệp này tại VFA vẫn đứng ra triệu tập cuộc họp Ban Chấp hành VFA và giới thiệu ông Linh giữ chức vụ chủ tịch - thay thế mình.
Theo SGGP, việc bầu cử chức danh này được thực hiện bằng hình thức đứng dậy giơ tay biểu quyết. Kết quả 23 phiếu bầu có 6 công ty con của Tổng Công ty lương thực miền Nam không bỏ phiếu còn lại 17 phiếu đồng ý cho ông Linh giữ chức Chủ tịch.
Sau đó, dư luận phản ánh, Bộ Nội vụ đã nhiều lần có văn bản bác kết quả bầu cử này, yêu cầu bầu lại theo đúng quy định, đảm bảo nguyên tắc dân chủ, bình đẳng, công khai, minh bạch. Tuy nhiên, VFA và người đứng đầu tổ chức này được Ban chấp hành VFA tự bầu lên là ông Nguyễn Hùng Linh đã không chấp hành.
Sau đó, dư luận phản ánh, Bộ Nội vụ đã nhiều lần có văn bản bác kết quả bầu cử này, yêu cầu bầu lại theo đúng quy định, đảm bảo nguyên tắc dân chủ, bình đẳng, công khai, minh bạch. Tuy nhiên, VFA và người đứng đầu tổ chức này được Ban chấp hành VFA tự bầu lên là ông Nguyễn Hùng Linh đã không chấp hành.
Đến tháng 10/2014, Bộ trưởng Bộ Nội vụ tiếp tục có văn bản bác đề nghị của VFA về việc giữ nguyên nhân sự của VFA hiện nay. Bộ Nội vụ yêu cầu VFA khẩn trương thực hiện quy trình chuẩn bị nhân sự và bầu chức danh Chủ tịch theo đúng quy định của pháp luật và Điều lệ VFA đã được Bộ Nội vụ phê duyệt.
Trước khi khởi tố ông Linh, cơ quan điều tra Công an tỉnh Kiên Giang đã khởi tố, thực hiện lệnh bắt tạm giam để điều tra làm rõ hành vi cố ý làm trái các quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng đối với 3 cán bộ của Công ty KTC, gồm: Âu Tấn Việt, nguyên Phó trưởng Phòng tổng hợp; Huỳnh Vũ Anh, nguyên cán bộ kiểm soát hàng hóa tồn kho và Lê Nguyễn Hoàng Nam, nguyên Trưởng phòng Kinh doanh.
Theo điều tra, KTC thành lập tháng 12/2006 và từng là một trong ba doanh nghiệp xuất khẩu gạo lớn nhất nước. Trong thời gian đương chức, ông Linh cùng cấp dưới gây thiệt hại cho nhà nước hàng chục tỷ đồng.
Đơn cử, ngày 11/4/2013, DNTN Hữu Dũng (do Quách Hữu Kỳ, 55 tuổi làm giám đốc) ký hợp đồng với KTC giao 1.000 tấn gạo trị giá 7,3 tỷ đồng. Nhưng khi mới nhận khoảng 500 tấn gạo thì KTC đã đưa đủ tiền khiến đối tác ngưng giao hàng, chiếm đoạt 3,2 tỷ đồng còn lại. Tháng 7/2014, Kỳ bị bắt giam.
