Ngày 24/10/2019, C03 đã ra Quyết định khởi tố bị can, Lệnh khám xét 9 bị can; ra Lệnh bắt tạm giam 6 bị can, gồm Dương Tuấn Minh (TGĐ), Dương Thị Trâm Anh (Phó TGĐ) và Nguyễn Thu Trang, Phó phòng Đầu tư và Quản lý đấu thầu Tổng Công ty Cửu Long về tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí theo khoản 3 Điều 219 BLHS; Tạ Đức Minh, Phạm Tấn Hoàng và Đinh Thị Chung (nhân viên Công ty CP Tập đoàn Yên Khánh) về tội Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng theo khoản 3 Điều 221 BLHS.
C03 cũng ra lệnh khởi tố 3 bị can gồm Đinh Ngọc Hệ (tức Út “trọc”); Phạm Văn Diệt, Giám đốc điều hành và Vũ Thị Hoan, TGĐ Công ty CP Tập đoàn Yên Khánh về tội Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng theo khoản 3 Điều 221 BLHS. Hiện 3 bị can này đang bị tạm giam trong một vụ án khác.
Trước đó, hồi tháng 11/2018, CQĐT hình sự Bộ Quốc phòng đã thực hiện các quyết định và lệnh bắt tạm giam bị can Đại tá Trần Trọng Tuấn, PGĐ Công ty Hải Thành (Quân chủng Hải quân) và Vũ Thị Hoan (GĐ Công ty TNHH Yên Khánh, GĐ Công ty CP Yên Khánh - Hải Thành) về tội Vi phạm các quy định về quản lý đất đai” theo Điều 229 BLHS. Bà Hoan có chị gái là bà Vũ Thị Hoa, người từng giữ chức thành viên HĐQT Công ty Cổ phần Đầu tư và Thương mại DIC (tính đến tháng 6/2017) và là cháu của Đinh Ngọc Hệ (tức “Út trọc”).
Sau khi Hoan bị bắt, ngày 1/1/2019, C03 đã phối hợp các đơn vị nghiệp vụ Bộ Công an ra quyết định bắt khẩn cấp và khám xét với Ngô Bá Thắng, Giám đốc Chi nhánh Long An, vì che giấu doanh số thu phí, trốn thuế xảy ra tại các trạm thu phí trên tuyến cao tốc TP HCM - Trung Lương.
Cùng bị bắt với Thắng để điều tra về vụ việc này còn có: Trần Văn Miền (PGĐ chi nhánh Long An kiêm Trạm trưởng Trạm thu phí Chợ Đệm, Công ty CP Tập đoàn Yên Khánh); Tô Phước Hùng (Kế toán trưởng Công ty CP Tập đoàn Yên Khánh); Nguyễn Thị Kim Huệ (Kế toán Công ty CP Tập đoàn Yên Khánh); Nguyễn Văn Hiền (GĐ Công ty TNHH Kỹ thuật Xuân Phi).
