Việc bảo vệ người tố cáo nhằm bảo vệ, khuyến khích, động viên người dân dũng cảm đấu tranh chống lại các hành vi tham nhũng, tiêu cực, vi phạm pháp luật, giúp các cơ quan nhà nước phát hiện và xử lý kịp thời, nghiêm minh các hành vi vi phạm pháp luật. Hơn nữa, bảo vệ người tố cáo là trách nhiệm của Nhà nước, là sự thể hiện cụ thể và sinh động bản chất của Nhà nước ta của nhân dân, do nhân dân, vì nhân dân.
Bảo vệ người tố cáo và những người thân thích của người tố cáo là vấn đề khó và phức tạp về nội dung, phương pháp, cách bảo vệ, trách nhiệm của các cơ quan nhà nước có thẩm quyền. Luật tố cáo năm 2018 đã dành một chương (Chương VI) quy định về bảo vệ người tố cáo. Trên cơ sở các quy định về bảo vệ người tố cáo của Luật Tố cáo như: bảo vệ tính mạng, sức khỏe, bảo vệ tài sản, bảo vệ uy tín danh dự, bảo vệ vị trí công tác việc làm của người tố cáo, Dự thảo Nghị định quy định chi tiết một số điều và biện pháp tổ chức thi hành Luật Tố cáo đã dành một mục (Mục 2 Chương II) quy định về bảo vệ người tố cáo.
Mục 2 của Chương II dự thảo Nghị định quy định cụ thể hơn về một số vấn đề nhằm làm rõ trách nhiệm của các cơ quan khi tiếp nhận yêu cầu bảo vệ của người tố cáo. Theo đó, Dự thảo quy định trách nhiệm của người giải quyết tố cáo khi nhận được văn bản đề nghị áp dụng các biện pháp bảo vệ; trách nhiệm của người nhận được đề nghị, yêu cầu áp dụng biện pháp bảo vệ.
Trên cơ sở chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các bộ, ngành, để đảm bảo tính khả thi của pháp luật về bảo vệ người tố cáo, Điều 9 Nghị định giao các cơ quan sau có trách nhiệm hướng dẫn cụ thể về việc bảo vệ người tố cáo. Cụ thể, Bộ Công an hướng dẫn về thẩm quyền, trình tự, thủ tục, biện pháp bảo vệ và trách nhiệm chủ trì, phối hợp của cơ quan, tổ chức có liên quan áp dụng biện pháp bảo vệ tính mạng, sức khỏe, tài sản, danh dự, nhân phẩm của người được bảo vệ.
Bộ Nội vụ hướng dẫn về thẩm quyền, trình tự, thủ tục, biện pháp bảo vệ và trách nhiệm chủ trì, phối hợp của cơ quan, tổ chức có liên quan áp dụng biện pháp bảo vệ vị trí công tác, việc làm của người được bảo vệ là cán bộ, công chức, viên chức.
Bộ Lao động, Thương binh và Xã hội hướng dẫn về thẩm quyền, trình tự, thủ tục, biện pháp bảo vệ và trách nhiệm chủ trì, phối hợp của cơ quan, tổ chức có liên quan áp dụng biện pháp bảo vệ việc làm của người được bảo vệ là người làm việc theo hợp đồng lao động.