Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân (KSND) tỉnh, ngày 13/11/2015, bị can Nguyễn Thị Lệ (sinh năm 1984) là thủ quỹ NHNN chi nhánh tỉnh Hưng Yên, được phân công tiếp nhận, bảo quản, đóng gói tiền do các ngân hàng thương mại cổ phần (NHTMCP) chuyển đến và bị can Trịnh Anh Thuân (sinh năm 1992) là kiểm ngân, có trách nhiệm kiểm đếm, đóng bao tiền mặt theo sự phân công của bị can Lệ, cùng nhau tiến hành đóng bao, kẹp chì, niêm phong bao tiền loại mệnh giá 100.000 đồng nhưng không kiểm tra chính xác số bó trong bao nên chỉ đóng 18 bó tiền loại mệnh giá 100.000 đồng (thiếu 2 bó so với quy định); tiến hành kiểm kê quỹ nghiệp vụ phát hành nhưng không phát hiện 2 bó tiền đã mất. Hành vì này của Lệ và Thuân đã gây thiệt hại cho nhà nước 200.000.000 đồng.
Từ năm 2012 đến năm 2015, Nguyễn Thị Lệ là thủ quỹ Quỹ nghiệp vụ phát hành của NHNN chi nhánh tỉnh Hưng Yên, có nhiệm vụ tiếp nhận tiền đủ tiêu chuẩn lưu thông (ĐTCLT) và tiền không đủ tiêu chuẩn lưu thông (KĐTCLT) của các HNTMCP nộp về để tiêu hủy; có trách nhiệm bảo đảm an toàn tuyệt đối các loại tiền mặt thuộc Quỹ nghiệp vụ phát hành. Quá trình tiếp nhận, quản lý, bảo quản tiền đã nhận của các NHTMCP, bị can Nguyễn Thị Lệ đã tổ chức thực hiện trái sự chỉ đạo tại Công văn số 1125 ngày 22/12/2011 (quy định khuyến khích các NHTMCP gia cố, làm tăng an toàn bó tiền) và nội quy Quầy giao dịch Quỹ nghiệp vụ phát hành của NHNN chi nhánh tỉnh Hưng Yên; không bảo đảm an toàn tiền mặt tại quỹ; sơ hở trong quản lý, bảo quản tiền mặt dẫn đến bị mất tiền trong nhiều bó tiền, gây thiệt hại cho NHNN chi nhánh tỉnh Hưng Yên số tiền 1 tỷ 856 triệu 700 nghìn đồng, tổng số tiền mà Nguyễn Thị Lệ phải chịu trách nhiệm là 2 tỷ 056 triệu 700 nghìn đồng.
Giai đoạn bị can Nguyễn Văn Quê (sinh năm 1954) làm Giám đốc NHNN chi nhánh tỉnh Hưng Yên (từ năm 2009 đến ngày 31/12/2014) đã thiếu trách nhiệm gây thiệt hại số tiền 630 triệu 900 nghìn đồng; Vũ Viết Thu (sinh năm 1960) làm Phó Giám đốc, phụ trách Phòng Tiền tệ - Kho quỹ (từ ngày 1/3/2010 đến ngày 31/3/2010 và từ ngày 3/1/2012 đến ngày 31/12/2014) và làm Giám đốc NHNN chi nhánh tỉnh Hưng Yên (từ ngày 1/1/2015 đến ngày 31/12/2015) đã thiếu trách nhiệm gây thiệt hại số tiền 2 tỷ 470 triệu 300 nghìn đồng; Vũ Thị Lộc (sinh năm1963) làm Phó Giám đốc NHNN chi nhánh tỉnh Hưng Yên, phụ trách Phòng Tiền tệ - Kho quỹ (từ ngày 1/4/2010 đến ngày 2/1/2012 và từ ngày 14/1/2015 đến ngày 31/12/2015) đã thiếu trách nhiệm gây thiệt hại số tiền 1 tỷ 821 triệu 600 nghìn đồng; Đặng Thị Hằng (sinh năm 1961) với quyền hạn, nhiệm vụ là Trưởng phòng Tiền tệ - Kho quỹ NHNN chi nhánh tỉnh Hưng Yên đã thực hiện không đầy đủ quyền hạn, nhiệm vụ theo quy định dẫn đến để mất tiền tại Quỹ nghiệp vụ phát hành, gây thiệt hại số tiền 2 tỷ 477 triệu đồng.
Viện KSND tỉnh đã truy tố bị can Nguyễn Thị Lệ theo khoản 3; Trịnh Anh Thuân theo khoản 1, Điều 179 Bộ luật Hình sự năm 2015, quy định về tội Thiếu trách nhiệm gây thiệt hại đến tài sản của Nhà nước; truy tố các bị can: Đặng Thị Hằng, Vũ Viết Thu, Vũ Thị Lộc, Nguyễn Văn Quê về tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng theo khoản 1 Điều 285 Bộ luật Hình sự năm 1999.
Sau khi xem xét toàn diện vụ án, Hội đồng xét xử đã tuyên phạt các bị cáo: Nguyễn Thị Lệ 5 năm 6 tháng tù; Trịnh Anh Thuân 2 năm cải tạo không giam giữ; Đặng Thị Hằng 1 năm 9 tháng tù, cho hưởng án treo; Vũ Viết Thu 1 năm 6 tháng tù, cho hưởng án treo; Vũ Thị Lộc 1 năm 3 tháng tù, cho hưởng án treo; Nguyễn Văn Quê 9 tháng tù, cho hưởng án treo.
