Chiều 17/5/2012, hai tháng sau khi lên chức Cục trưởng Hàng hải, cựu chủ tịch HĐQT Vinalines Dương Chí Dũng nhận được thông tin bị Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an khởi tố bị can, ra lệnh bắt tạm giam về tội Cố ý làm trái quy định về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng.
Ông Dũng vội báo cho em trai là Dương Tự Trọng (Phó giám đốc Công an Hải Phòng) và được hướng dẫn tạm thời đến trốn tại nhà bạn gái Hoàng Kim Nhung của ông ta tại quận Cầu Giấy.
Từ Hải Phòng, ông Trọng mượn điện thoại của cấp dưới liên lạc với cô Nhung bảo ra ngõ đón ông anh vào nhà. Hai người thân tín của ông Trọng là Vũ Tiến Sơn (Phó phòng cảnh sát điều tra tội phạm về trật tự xã hội, Công an Hải Phòng) và Hoàng Văn Thắng (cán bộ Phòng Cảnh sát điều tra tội phạm môi trường, Công an Hải Phòng) đến phòng làm việc của Trọng để thông báo về việc ông Dũng bị khởi tố, bắt giam. Ba người bàn kế hoạch tổ chức cho ông Dũng trốn đi nước ngoài.
Ông Sơn mượn chiếc xế hộp hạng sang Porsche của bạn giao cho Thắng lái đến đón Phạm Minh Tuấn (Giám đốc Xí nghiệp Bạch Đằng, bạn thân của ông Trọng) tới Hà Nội để lo liệu. Theo hẹn, xe dừng ở Phố Nối (Hưng Yên) để gặp ông Trọng, Sơn và Tuấn được dặn đến nhà cô Nhung đón ông Dũng.
Tối 17/5/2012, xe về đến Hà Nội và ông Dũng được đón đưa về nhà bố của cô Nhung tại huyện Hải Hà (Quảng Ninh), theo lời dặn của ông Trọng. Một túi nilon đựng điện thoại do ông Trọng giao được Sơn đưa lại cho ông Dũng. Sơn trình bày lý do với chủ nhà: "Bọn em đi Móng Cái, anh Dũng mệt nên gửi lại ở đây".
Theo cáo buộc của VKS, để tránh sự phát hiện của cơ quan chức năng, ông Trọng không tham gia trực tiếp. Việc tổ chức đưa ông Dũng trốn ra nước ngoài được Sơn thay mặt "đàn anh" giải quyết.
Ngày 18/5/2012, ông Sơn gọi điện thoại cho Đồng Xuân Phong (nguyên cán bộ hải quan Hải Phòng đang bị truy nã) và Trần Văn Dũng (Dũng "Bắc Kạn", giang hồ đất Cảng) và để ông Dũng trao đổi trực tiếp.
Trưa hôm sau, ông Sơn cùng Phong, Dũng "Bắc Kạn" thống nhất sẽ tổ chức cho ông Dũng vào TP HCM, qua đường tiểu ngạch qua cửa khẩu biên giới Mộc Bài (tỉnh Tây Ninh) trốn sang Campuchia, rồi đi sang Mỹ.
Phó phòng cảnh sát điều tra Công an Hải Phòng đưa cho Phong và Dũng "Bắc Kạn" mỗi người một điện thoại với số sim mới, thống nhất dùng biệt danh để gọi nhau. Cụ thể, gọi ông Dương Chí Dũng là "Đồng", Phong là "Gió" và Dũng "Bắc Kạn" là "Cạn".
Thực hiện kế hoạch, sáng 20/5/2012, tại phòng làm việc, ông Trọng yêu cầu Thắng cùng Nguyễn Trọng Ánh (cán bộ Công an Hải Phòng) chiều hôm sau đến Quảng Ninh đón ông Dũng đi đường bộ vào TP HCM. Xe được ông Trọng bố trí trợ lý riêng của mình lái. Theo yêu cầu của ông Trọng, Thắng và Ánh sử dụng sim rác để liên lạc. Điện thoại chính phải để ở nhà.
Chiều cùng ngày, ông Trọng và Sơn đã đi máy bay vào TP HCM để đón. Khi vào đến TP HCM, theo yêu cầu của ông Trọng, chiếc Prado chở ông Dũng xuyên Việt được thay bằng chiếc Mercedes mang biển TP HCM mượn của người quen ông Trọng. Ông Dũng nhận túi tiền và điện thoại do em trai chuẩn bị.
Tối 23/5/2012, đến cửa khẩu quốc tế Mộc Bài, ông Dũng được đưa trốn sang Campuchia bằng đường tiểu ngạch; còn Phong (dùng hộ chiếu giả) và Dũng "Bắc Kạn" xuất cảnh công khai. Gặp nhau tại một casino, hai người này đưa tiếp ông Dũng vào thủ đô Phnom Pênh. Kết quả được báo cáo ông Trọng. Sáng hôm sau, trợ lý của ông Trọng lái chiếc Prado quay trở lại Hải Phòng.
Trưa 23/5/2012, Phong mua vé máy bay và cùng ông Dũng sang Singapore để làm thủ tục xuất cảnh đi Mỹ. Dũng "Bắc Kạn" quay trở về Việt Nam. Do không được nhập cảnh vào Mỹ, ngày 27/5/2012, ông Dũng quay về Campuchia.
Theo cáo buộc của VKS, hay kế hoạch bỏ trốn không thuận lợi, ông Trọng yêu cầu thuộc cấp Sơn liên lạc với Phong và Dũng "Bắc Kạn" tiếp tục thu xếp cho ông Dũng trốn tại Campuchia. Dũng "Bắc Kạn" liên lạc với một người quen, nhờ bố trí nhà cho ông Dũng. Ngày 29/5/2012, Phong sang Campuchia để động viên ông Dũng và tiếp tế thêm 4.000 USD.
Ông Trọng khai sau đó giao gói tiền 30.000 USD cho Sơn, yêu cầu Dũng "Bắc Kạn" sang Campuchia đưa tiền cho ông Dũng và thu xếp nơi ăn ở. Ngày 3/6/2012, Dũng "Bắc Kạn" đã thực hiện yêu cầu này.
Sau thời gian truy tìm ông Dũng ở trong nước không có kết quả, cơ quan điều tra đã liên hệ với Interpol để phát lệnh truy nã quốc tế. Để đảm bảo an toàn cho ông Dũng, ngày 6/7/2012, Phong lại sang Campuchia thu xếp cho ông Dũng chuyển đến nhà người quen của mình. Ngày 4/9/2012, ông Dũng bị cơ quan chức năng Campuchia và Việt Nam bắt giữ.
5 tháng sau (ngày 22/2), ông Trọng bị bắt, lúc này đã lên chức Cục phó Cục cảnh sát quản lý hành chính về trật tự xã hội, Bộ Công an. VKSND Tối cao cho biết trong quá trình điều tra, các bị can Sơn, Thắng, Phong, Dũng "Bắc Kạn", Ánh, Tuấn thành khẩn khai nhận. Riêng bị can Trọng không thừa nhận hành vi phạm tội.
Căn cứ lời khai của 6 bị can, người liên quan và nhiều chứng cứ khác, VKS xác định ông Trọng là người khởi xướng, chỉ đạo việc tổ chức bỏ trốn cho anh trai. Bị can Sơn theo chỉ đạo của ông Trọng đã sử dụng nhiều thủ đoạn tinh vi để che giấu tội phạm. Hành vi của 7 bị can đã tạo dư luận không tốt, gây mất lòng tin cho nhân dân và ảnh hưởng nghiêm trọng đến uy tín của các cơ quan bảo vệ pháp luật.
Theo khung hình phạt truy tố, cựu Phó giám đốc Công an Hải Phòng, "khắc tinh" của giang hồ đất Cảng một thời, sẽ phải đối mặt với khung hình phạt cao nhất (từ 12 đến 20 năm tù) của tội Tổ chức đưa người khác trốn đi nước ngoài hoặc ở lại nước ngoài trái phép. Cựu phó phòng hình sự Sơn được xác định chỉ huy việc thực hiện tội phạm nên cũng bị truy tố cùng khung hình phạt.
Các bị can còn lại được xác định do nể nang, phải thực hiện mệnh lệnh của cấp trên hay vì quan hệ bạn bè... nên bị truy tố khung hình phạt thấp hơn, từ 2 đến 7 năm tù. Trong đó, Dũng thực hiện tội phạm do bị ông Trọng và Sơn ép buộc; còn Phong phạm tội trong hoàn cảnh đang được ông Trọng bao che trốn truy nã suốt nhiều năm qua.
Những người cho mượn xe hay cô Nhung và gia đình... không bị truy cứu trách nhiệm hình sự trong vụ này do không đủ căn cứ chứng minh họ biết Dương Chí Dũng đang trốn tránh pháp luật hoặc động cơ phạm tội vì tình cảm gia đình...
Ngày 17/5/2012, Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an khởi tố vụ án cố ý làm trái quy định nhà nước về quản lý kinh tế và chức vụ xảy ra tại Vinalines. Quyết định khởi tố ông Dũng được ký cùng ngày.
Ngày 18/5/2012, Cơ quan điều tra thực thi lệnh bắt, khám xét nhưng ông Dũng không có mặt tại nhà và cơ quan. Cũng trong ngày hôm đó, Bộ Công an phát lệnh truy nã nghi can này.
Giữa tháng 6/2012, lệnh truy nã quốc tế ông Dũng được Interpol phát đi.
Ngày 4/9/2012, ông Dũng bị bắt tại Campuchia.
Ngày 7/9/2012, vụ án tổ chức đưa người trốn đi nước ngoài được khởi tố. Trần Văn Dũng là nghi can đầu tiên bị bắt (ngày 4/9/2012).
Ngày 5/12/2012, Vũ Tiến Sơn bị bắt.
Ngày 18/12/2012, Đồng Xuân Phong bị bắt.
Ngày 27/1, Hoàng Văn Thắng bị bắt.
Ngày 28/1, Nguyễn Trọng Ánh bị bắt.
Nghi can cuối cùng Phạm Minh Tuấn bị bắt ngày 20/3.
Một nghi can là em vợ của Dương Tự Trọng được đình chỉ điều tra vào ngày 13/1.
