Các phòng xét nghiệm bao gồm:
1. Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương;
2. Viện Pasteur TP. Hồ Chí Minh ;
3. Viện Pasteur Nha Trang;
4. Viện Vệ sinh dịch Tễ Tây Nguyên;
5. Trung tâm Kiểm soát bệnh tật Hà Nội;
6. Trung tâm Kiểm soát bệnh tật Đà Nẵng;
7. Trung tâm Kiểm soát bệnh tật Cần Thơ;
8. Trung tâm Kiểm soát bệnh tật Yên Bái;
9. Trung tâm Kiểm soát bệnh tật Lào Cai;
10. Trung tâm Kiểm soát bệnh tật Quảng Ninh;
11. Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ương;
12. Bệnh viện Bệnh nhiệt đới TP. Hồ Chí Minh;
13. Bệnh viện Chợ Rẫy;
14. Bệnh viện Trung ương Thái Nguyên;
15. Bệnh viện Trung ương Huế;
16. Bệnh viện Nhi Trung ương;
17. Bệnh viện Đa khoa Phú Thọ;
18. Bệnh viện Bạch Mai;
19. Bệnh viện Nhi đồng 1;
20. Viện Y học dự phòng quân đội;
21. Trung tâm nhiệt đới Việt Nga;
22. Bệnh viện Trung ương quân đội 108;
Danh sách này sẽ được cập nhật khi có cơ sở xét nghiệm mới được cập nhật trên trang điện tử của Bộ Y tế.