Theo cáo trạng, khoảng 22h30 ngày 23/4/1998, do biết bà Bông và con gái là chị Phạm Thị Hồng không có ở nhà nên Thọ và Hồ Thanh Việt rủ nhau đến nhà bà Bông phục sẵn, với mục đích cướp sợi dây chuyền vàng trên cổ chị Hồng. Thọ và Việt cắt một đoạn dây dù ở giếng nước sau nhà bà Bông thủ sẵn để trói chị Hồng nếu nạn nhân chống cự.
Khi Thọ và Việt đột nhập vào nhà bà Bông thì bất ngờ nhìn thấy bà Bông đang nằm trên giường. Khi phát hiện có người lạ, bà Bông nhổm dậy thì bị Thọ nhào đến bịt miệng, đè ngã trên giường rồi dùng sợi dây dù chặn ngang qua cổ. Thọ và Việt dùng sợi dây dù siết mạnh khiến bà Bông bất tỉnh và tử vong. Thọ và Việt lột chiếc nhẫn vàng 24k trọng lượng 1 chỉ trên tay bà Bông.
Lo sợ vụ việc bị bại lộ, Thọ đã bán chiếc nhẫn vàng vào ngày 24/4/1998, lấy tiền bỏ trốn. Sau khi Thọ bỏ trốn, lực lượng Công an tỉnh Bình Thuận đã bắt giữ ông Nén vì cho rằng ông Nén là thủ phạm giết bà Bông và chịu cảnh lao tù đến hơn 17 năm. Trong thời gian ông Nén ở tù, một thanh niên địa phương là Nguyễn Phúc Thành đã làm đơn gửi Công an Bình Thuận, tố giác Nguyễn Thọ là thủ phạm giết bà Bông. Tuy nhiên, đơn của anh Thành không được truy xét thấu đáo.
Đối với Thọ, sau khi rời khỏi địa phương, đã lưu lạc ở nhiều tỉnh, thành, thay tên đổi họ để trốn tránh sự truy lùng của cơ quan chức năng. Đến ngày 10/10/2015, Thọ đã đến cơ quan Công an tỉnh Đồng Tháp để tự thú về hành vi giết người, cướp tài sản.
Sau khi Thọ đầu thú, ông Huỳnh Văn Nén được trả tự do, minh oan, xin lỗi công khai sau 17 năm thụ án tù về tội giết người. Hiện việc đòi bồi thường oan sai của ông Nén đang được TAND tỉnh Bình Thuận thụ lý, thương lượng bồi thường.
Sau một ngày xét xử, bị cáo Thọ thành khẩn nhận tội, tỏ ra ăn năn hối cải. Chiều 26/8, TAND tỉnh Bình Thuận đã tuyên phạt Nguyễn Thọ 20 năm tù với 2 tội danh giết người và cướp tài sản.
