Theo dự thảo, Trung tâm Y tế huyện là đơn vị sự nghiệp y tế công lập trực thuộc Sở Y tế, có tư cách pháp nhân, có trụ sở, con dấu, tài khoản riêng được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và Ngân hàng theo quy định của pháp luật.
Trung tâm Y tế huyện chịu sự chỉ đạo, quản lý trực tiếp về tổ chức, nhân lực, hoạt động, tài chính và cơ sở vật chất của Sở Y tế. Đồng thời, chịu sự hướng dẫn về chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ của các đơn vị y tế, dân số tuyến tỉnh, Trung ương và chịu sự quản lý nhà nước của UBND cấp huyện theo quy định của pháp luật.
Trong đó, về cơ cấu tổ chức của lãnh đạo Trung tâm Y tế huyện, dự thảo quy định, Trung tâm Y tế huyện có Giám đốc và không quá 2 Phó Giám đốc. Theo đó, việc bổ nhiệm, bổ nhiệm lại Giám đốc và Phó Giám đốc Trung tâm Y tế huyện theo phân cấp hoặc ủy quyền của Chủ tịch UBND cấp tỉnh và theo quy định của pháp luật. Việc miễn nhiệm, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, cho thôi chức vụ, nghỉ hưu và thực hiện các chế độ chính sách đối với Giám đốc và Phó Giám đốc Trung tâm Y tế huyện thực hiện theo quy định của pháp luật.
Về các phòng chức năng thuộc Trung tâm Y tế huyện, thay vì 4 phòng chức năng như quy định hiện nay tại Thông tư 37/2016/TT-BYT, dự thảo đề xuất thêm Phòng Dân số - Truyền thông Giáo dục sức khỏe. Như vậy, theo dự thảo, Trung tâm Y tế huyện bao gồm 5 phòng chức năng sau: 1. Phòng Tổ chức - Hành chính; 2- Phòng Kế hoạch – Nghiệp vụ (bao gồm cả lĩnh vực quản lý chất lượng, công tác xã hội); 3- Phòng Dân số - Truyền thông Giáo dục sức khỏe; 4- Phòng Điều dưỡng; 5- Phòng Tài chính – Kế toán.
Về các khoa chuyên môn thuộc Trung tâm Y tế huyện, so với 15 khoa theo quy định hiện nay, dự thảo đề xuất Trung tâm Y tế huyện có 19 khoa gồm: 1- Khoa Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS; 2- Khoa Y tế công cộng; 3- Khoa An toàn thực phẩm; 4- Khoa Chăm sóc sức khỏe sinh sản và Phụ sản; 5- Khoa Khám bệnh/Phòng khám đa khoa; 6- Khoa Cấp cứu - Hồi sức tích cực và Chống độc; 7- Khoa Nội; 8- Khoa Ngoại; 9- Khoa Phẫu thuật - Gây mê hồi sức; 10- Khoa Nhi; 11-Khoa Y học cổ truyền và Phục hồi chức năng; 12- Khoa Liên chuyên khoa (Răng hàm mặt - Mắt - Tai mũi họng); 13- Khoa Xét nghiệm; 14- Khoa Chẩn đoán hình ảnh; 15- Khoa Truyền nhiễm; 16- Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn; 17- Khoa Dược - Trang thiết bị - Vật tư y tế; 18- Khoa Dinh dưỡng; 19- Khoa Tư vấn và điều trị nghiện chất.
Bên cạnh đó, dự thảo nêu rõ, đối với những đơn vị cấp huyện có Bệnh viện đa khoa từ Hạng II trở lên đóng trên địa bàn thì không bố trí giường điều trị nội trú tại các khoa chuyên môn thuộc lĩnh vực khám bệnh, chữa bệnh; cấp có thẩm quyền quyết định việc thành lập các Khoa chuyên môn thuộc Trung tâm Y tế huyện theo hướng dẫn hoặc chia tách, lồng ghép các Khoa bảo đảm phù hợp với tính chất công việc và quy định cụ thể nhiệm vụ của các Khoa chuyên môn để triển khai thực hiện cung cấp dịch vụ chuyên môn, kỹ thuật theo quy định của pháp luật.
Về nhân lực, dự thảo quy định, số lượng người làm việc của Trung tâm Y tế huyện được xác định trên cơ sở vị trí việc làm theo chức năng, nhiệm vụ, phạm vi hoạt động của các tổ chức theo quy định tại điều 5 Thông tư này và nằm trong tổng số người làm việc của các đơn vị sự nghiệp công lập của tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương được cấp có thẩm quyền giao hoặc phê duyệt.
Theo đó, căn cứ vào chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức và danh mục vị trí việc làm, Trung tâm Y tế huyện xây dựng đề án vị trí việc làm trình cấp có thẩm quyền phê duyệt. Hằng năm, xây dựng cơ cấu chức danh nghề nghiệp, xác định số lượng người làm việc, báo cáo cấp có thẩm quyền xem xét, quyết định theo quy định của pháp luật bảo đảm thực hiện nhiệm vụ được giao.
