Quyết định trên áp dụng đối với tàu, thuyền Việt Nam nhập cảnh, xuất cảnh; tàu, thuyền, thuyền viên nước ngoài nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh, chuyển cảng (bao gồm cả các tàu thăm dò, khai thác, dịch vụ dầu khí hoạt động ngoài khơi; tàu biển nước ngoài được Bộ Giao thông Vận tải cấp giấy phép vận tải nội địa; tàu, thuyền thuộc sở hữu của Việt Nam mang cờ quốc tịch nước ngoài);
Ngoài ra, tàu, thuyền nước ngoài có động cơ chạy bằng năng lượng hạt nhân hoặc tàu, thuyền vận chuyển chất phóng xạ; tàu, thuyền nước ngoài đến cảng thực hiện các hoạt động về nghiên cứu khoa học, nghề cá, cứu hộ, trục vớt tài sản chìm đắm, lai dắt hỗ trợ trong vùng nước cảng biển, văn hóa, thể thao, xây dựng công trình biển, khảo sát, thăm dò, khai thác tài nguyên và các hoạt động khác về môi trường trong vùng biển Việt Nam sau khi có giấy phép hoặc văn bản chấp thuận của cơ quan có thẩm quyền của Việt Nam cho phép tàu, thuyền đến cảng cũng được áp dụng
Quyết định nêu rõ, thủ tục biên phòng điện tử được thực hiện 24/24 giờ hàng ngày. Khi Cổng thông tin được kết nối với Cổng thông tin một cửa quốc gia, người làm thủ tục thực hiện khai báo các bản khai điện tử và gửi hồ sơ điện tử cho Biên phòng cửa khẩu cảng, tiếp nhận xác nhận hoàn thành thủ tục biên phòng điện tử cảng biển thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia theo các quy định về thủ tục điện tử đối với tàu, thuyền vào rời cảng biển, cảng dầu khí ngoài khơi thông qua Cơ chế một cửa quốc gia.
Trường hợp Cổng thông tin một cửa quốc gia có sự cố (thiết bị, phần mềm, cơ sở dữ liệu, đường truyền kết nối tại hệ thống xử lý dữ liệu điện tử biên phòng cảng biển bị hỏng, bị lỗi), người làm thủ tục thực hiện thủ tục biên phòng điện tử cảng biển qua Cổng thông tin.
Sau khi hoàn thành thủ tục biên phòng điện tử, người làm thủ tục phải nộp và xuất trình các loại giấy tờ theo thời hạn quy định. Cụ thể, đối với tàu, thuyền nhập cảnh phải nộp (1 bản chính) gồm: Bản khai chung; danh sách thuyền viên; danh sách hành khách (nếu có); bản khai hàng hóa nguy hiểm, vũ khí, vật liệu nổ (nếu có); bản khai người trốn trên tàu (nếu có). Giấy tờ phải xuất trình (bản chính) gồm: Sổ thuyền viên, hộ chiếu thuyền viên hoặc giấy tờ có giá trị thay hộ chiếu của thuyền viên; hộ chiếu của hành khách (nếu có).
Đối với tàu, thuyền xuất cảnh phải nộp (01 bản chính) gồm: Bản khai chung; danh sách thuyền viên (nếu có thay đổi so với khi nhập cảnh); danh sách hành khách (nếu có thay đổi so với khi nhập cảnh); bản khai hàng hóa nguy hiểm, vũ khí, vật liệu nổ (nếu có thay đổi so với khi nhập cảnh). Giấy tờ phải xuất trình (bản chính) gồm: Sổ thuyền viên, hộ chiếu thuyền viên hoặc giấy tờ có giá trị thay hộ chiếu của thuyền viên; hộ chiếu của hành khách (nếu có).
Đối với tàu, thuyền quá cảnh thì tại cửa khẩu cảng nhập cảnh thực hiện các thủ tục quy định như tàu, thuyền nhập cảnh. Còn tại cửa khẩu cảng xuất cảnh thực hiện theo quy định như đối với tàu, thuyền xuất cảnh.
Sau khi hoàn thành thủ tục biên phòng điện tử, tàu, thuyền xuất cảnh, chuyển cảng đi tiếp tục được thực hiện các hoạt động phục vụ xếp, dỡ hàng hóa và các hoạt động khác theo chương trình, kế hoạch cho đến khi rời cảng. Trường hợp có sự thay đổi về thuyền bộ hoặc vi phạm các quy định của pháp luật Việt Nam phải xử lý thì phải làm lại thủ tục biên phòng. Tàu, thuyền chỉ được phép rời cảng khi mọi vấn đề liên quan đến con tàu, thuyền viên, hành khách, hàng hóa đã được xử lý, giải quyết xong.
Quyết định cũng nêu rõ, trường hợp người làm thủ tục phát hiện sai sót hoặc cập nhật được thông tin cần khai báo bổ sung, thông tin phải khai báo theo quy định nhưng phát sinh sau thời điểm đã nhận được xác nhận hoàn thành thủ tục biên phòng điện tử, người làm thủ tục được phép sửa chữa, bổ sung nội dung khai báo trong hồ sơ điện tử theo thời hạn quy định tại Quyết định này nhưng phải được sự chấp thuận của Biên phòng cửa khẩu cảng.
