Theo án sơ thẩm, Codupha Cần Thơ là chi nhánh thuộc Cty TNHH MTV Dược phẩm Trung ương 2 (CODUPHA, trụ sở tại TP HCM) có 100% vốn nhà nước.
Năm 2005, Linh và Quang được nhận vào làm việc tại chi nhánh Cần Thơ. Nhiệm vụ của Linh là quản lý công nợ; trực tiếp đối chiếu và thu nợ khu vực nhà thuốc, bệnh viện các tuyến Cần Thơ, An Giang, Vĩnh Long, Đồng Tháp; lập bản đối chiếu công nợ; kế toán theo dõi tài sản cố định của chi nhánh và báo cáo về công ty. Còn nhiệm vụ của Quang là triển khai mở rộng thị trường và các mặt hàng của chi nhánh; giao hàng và thu tiền những hóa đơn còn nợ dựa trên bản kê công nợ do Linh lập và thu tiền mặt các nhà thuốc khu vực Trà Vinh, Vĩnh Long, Đồng Tháp.
Trong quá trình làm việc Linh thu tiền của khách hàng nhưng lại không nộp đủ cho Cty và hạch toán đúng thực tế phát sinh vào hệ thống phần mềm tự động của mạng nội bộ (tài khoản 131) mà tự ý chỉnh chuyển tiền thu của khách hàng không nợ quá hạn sang các khách hàng nợ quá hạn với cách thức lấy tiền của hóa đơn khách hàng này chuyển sang khách hàng nợ quá hạn khác. Cũng có khi lấy một phần số tiền trên hóa đơn của khách hàng không nợ quá hạn chuyển sang cho khách hàng nợ quá hạn khác và chuyển nhiều khách hàng thuộc các địa bàn Linh làm kế toán công nợ, làm sai lệch số liệu công nợ, giảm nợ quá hạn. Sau đó, Linh tự làm bảng đối chiếu công nợ với khách hàng và báo cáo tình hình công nợ quá hạn của Cty phù hợp với số liệu trên tài khoản 131 đã chỉnh sửa để nộp về Cty. Mục đích của Linh là để công ty tiếp tục xuất hàng để Linh lấy tiền thu được của khách hàng sử dụng cá nhân và giúp Quang thu nợ quá hạn của khách hàng theo yêu cầu của Quang.
Ngoài ra, Linh còn chi cho hoạt động Cty tiền BHYT xuất toán, chiết khấu theo hợp đồng thỏa thuận giữa Cty Codupha Cần Thơ với Bệnh viện Bình Dân (Long Xuyên) và Bệnh viện Đa khoa Hạnh phúc Bình Dân (Long Xuyên) do các nhân Ngô Quốc Vũ (nguyên Giám đốc Chi nhánh Codupha Cần Thơ) nhờ trả giúp tiền chiết khấu thỏa thuận riêng. Tuy nhiên, sau khi chi, Linh cũng không nộp lại chứng từ đầy đủ cho chi nhánh để hoạch toán, hoặc đòi tiền của Vũ mượn để nộp lại cho Cty dẫn đến gây thất thoát tiền cho Cty thời gian dài.
Với hành vi nói trên, từ ngày 01/01/2009 đến 30/6/2011 Linh đã gây thiệt hại cho Cty gần 1 tỷ đồng, đồng thời chiếm đoạt trên 260 triệu đồng. Riêng Quang thu tiền mà không nộp về công ty qua đó chiếm đoạt trên 580 triệu đồng.
Xử sơ thẩm, TAND TP Cần Thơ tuyên phạt Linh 9 năm tù vì tội “Tham ô tài sản” và 1 năm tù vì “Cố ý làm trái”; Quang 15 năm tù vì tội “Tham ô tài sản”. Ngoài ra, các bị cáo còn có trách nhiệm trả lại số tiền đã chiếm đoạt và gây thiệt hại cho Cty Codupha Cần Thơ. Đồng thời, tòa còn buộc Vũ phải trả lại số tiền 544 triệu đồng đã nhờ Linh trả tiền chiết khấu. Sau đó Linh có kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt vì cho rằng mình chỉ chiếm dụng 35 triệu đồng. Quang kháng cáo kêu oan cho rằng mình không tham ô tài sản như án sơ thẩm đã tuyên.
Tại phiên tòa phúc thẩm, Tòa Cấp cao nhận định số tiền thất thoát tại Codupha Cần Thơ theo kết luận cuối cùng là hơn 3,1 tỉ đồng thuộc trách nhiệm chính của bị cáo Linh. Cấp sơ thẩm cho rằng bị cáo chỉ tham ô hơn 260 triệu đồng, số còn lại sau khi trừ đi số tiền bị cáo đã khắc phục trước khi khởi tố được xác định là cố ý làm trái là không đúng pháp luật.
Riêng Quang và gia đình đã khắc phục tiền cho công ty theo thỏa thuận trước khi chuyển cho công an, thì số tiền đã khắc phục được xem là trách nhiệm dân sự. Mặc khác, vụ án có ba kết luận với các số tiền khác nhau nên cần cho đối chất, làm rõ từng bị cáo chịu trách nhiệm với số tiền bao nhiêu. Còn đối với Vũ, Tòa cho rằng cần làm rõ việc Vũ có chỉ đạo Linh chỉ đạo Linh lấy tiền các nhà thuốc trả nợ cá nhân hay không.
Vì thế, tòa phúc thẩm đã quyết định hủy án sơ thẩm giao hồ sơ lại cho VKS Cần Thơ điều tra lại.
