Theo cáo trạng, ngày 18/12/2014 Phòng CSĐT tội phạm về Môi trường Công an tỉnh Khánh Hòa nhận được công văn số 5538/EVN của Trung tâm giáo dục thiên nhiên đề nghị kiểm tra các kho hàng nghi đang tàng trữ nhiều cá thể rùa biển của Hải tại xã Phước Đồng, Nha Trang.
Từ ngày 19/12 đến ngày 22/12/2014 Phòng CSĐT tội phạm về Môi trường tiến hành kiểm tra, xác minh tin báo trên xác định Hải cất giấu rất nhiều xác cá thể rùa biển tại khu vực chăn nuôi của nhà bà Vũ Thị Hải Thanh tại thôn Phước Hạ, xã Phước Đồng. Nhận thấy vụ việc có dấu hiệu tội phạm nên phòng PC69 chuyển hồ sơ cho cơ quan CSĐT (PC44). Sau khi tiếp nhận hồ sơ, cơ quan CSĐT tiến hành khám xét khẩn cấp nơi ở đối với Hải đã thu giữ tại nhà xưởng ở thôn Phước Lợi 4 xác cá thể rùa 4 sừng động vật. Ngày 27/12/2014 cơ quan CSĐT Công an tỉnh Khánh Hòa khám nghiệm hiện trường nhà xưởng nói trên, thu giữ một số phương tiện, máy móc phục vụ việc chế tác rùa và lấy mẫu dung dịch trong bể chứa.
Tiến hành khám nghiệm từng khu vực chăn nuôi của bà Thanh từ ngày 23/12 đến ngày 25/12/2014 đã phát hiện 9 địa điểm cất giấu xác cá thể rùa, trong đó có 7 địa điểm xác cá thể rùa đang được ngâm hóa chất (nghi phóc môn). Cơ quan điều tra thu giữ tổng cộng 4.379 xác cá thể rùa, lấy mẫu dung dịch ngâm xác cá thể rùa. Đồng thời phối hợp với Viện Hải dương học, Sở Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn tỉnh Khánh Hòa tiến hành phân loại sơ bộ 4.379 xác cá thể rùa, ban đầu xác định gồm 3 loài như: 5 xác cá thể nghi loài Quảng Đồng; 6 xác cá thể nghi loài Đồi Mồi Dứa; 4.368 xác cá thể nghi Đồi Mồi.
Quá trình khám nghiệm và vận chuyển xác cá thể rùa nói trên, cơ quan CSĐT phát hiện trong kho hàng của Hải tại thôn Phước Hải và 2 bãi đất trống gần đó có nhiều vỏ sò có kích thước và trọng lượng rất lớn nằm rải rác trên diện tích rộng, nghi đây là loài trai tai tượng lớn nên cơ quan điều tra đã thu giữ tổng cộng 3.855 vỏ sò, mỗi vỏ sò được bọc trong bao tải, có miếng cao su bọc quanh vùng miệng và được cột dây để tiện vận chuyển. Qua làm việc sơ bộ, Hải khai nhận 789 vỏ sò trong kho hàng là của người khác gửi, số vỏ sò tại 2 bãi đất trống Hải không biết của ai.
Tại Công văn của Viện Hải dương học kết luận về 4.383 xác cá thể rùa biển và 3.855 vỏ sò như sau: Trong tổng thể 4.383 xác cá thể rùa biển trên có 5 xác cá thể rùa biển thuộc loài Quảng Đông (Con Đú), có tên khoa học là Caretta caretta. Mức độ nguy cấp: nằm trong nhóm danh mục các loại có nguy cơ tuyệt chủng cực kỳ lớn (CR- Critically Endangered). Loại này thuộc Phụ lục I của Công ước về buôn bán quốc tế các loài động vật, thực vật hoang dã nguy cấp (CITES). 6 xác cá thể rùa biển thuộc loại Rùa Xanh (Đồi mồi dứa), có tên khoa học là Chelonia mydas. Mức độ nguy cấp: nằm trong nhóm danh mục các loài có nguy cơ tuyệt chủng rất lớn (EN-Endangered). Loại này cũng thuộc Phụ lục I của Công ước về buôn bán quốc tế các loài động vật, thực vật hoang dã nguy cấp (CITES); 4.372 cá thể rùa biển thuộc loại Đồi Mồi, có tên khoa hoạc là Eretmochelysimbricata. Mức độ nguy cấp: nằm trong nhóm danh mục các loài có nguy cơ tuyệt chủng rất lớn; 3.855 vỏ sò thuộc loại Trai tai tượng khổng lồ, có tên khoa học là Tridacnagigas. Mức độ nguy cấp: nằm trong nhóm danh mục các loàicó nguy cơ tuyệt chủng cực kỳ lớn.
Ngày 24/11/2016 Viện Sinh học nhiệt đới thuộc Viện Hàn lâm khoa học và công nghệ Việt Nam kết luận 4 chiếc sừng mà cơ quan CSĐT thu giữ tại nhà của Hải được nhập khẩu từ nước ngoài nên không phải là các loài bản địa hiện có ở Việt Nam, không thuộc Công ước về buôn bán quốc tế các loài động vật, thực vật hoang dã nguy cấp.
Trước đó, ngày 19/11/2014, Thanh tra Sở NN&PTNT tỉnh Khánh Hoà phối hợp cùng các cơ quan chức năng phát hiện, thu giữ tại kho xưởng của Hải ở xã Phước Đồng tổng cộng 5.056kg xác cá thể rùa biển khô. Thanh tra Sở NN&PTNT tỉnh Khánh Hòa phối hợp cùng Viện Hải dương học trích xuất mẫu, tiến hành giám định đối với số xác rùa trên. Ngày 1/4/2015 Viện Hải dương học kết luận mẫu xác rùa trên đều thuộc Phụ lục I của Công ước về Buôn bán quốc tế các loài động vật, thực vật hoang dã nguy cấp. Qua làm việc, Hải khai nhận mặc dù không có giấy phép kinh doanh nhưng từ năm 2010 Hải đã tiến hành mua thu gom số xác rùa trên của các ngư dân đi biển về ngâm dung dịch phóc môn để chế tác thành sản phẩm mỹ nghệ nhằm bán kiếm lời.
Trung tâm Giáo dục thiên nhiên (ENV) từng xác định đây là vụ tàng trữ xác rùa biển với số lượng lớn nhất thế giới. Do khó khăn trong đánh giá chứng cứ, xác định tội danh nên việc điều tra, truy tố đã kéo dài đến nay.
