Trước đó, Thủ tướng Chính phủ đã có Quyết định 07/2016/QĐ-TTg về việc miễn thuế thu nhập cá nhân (TNCN) đối với cá nhân là người Việt Nam làm việc tại cơ quan đại diện của tổ chức quốc tế thuộc hệ thống Liên hợp quốc tại Việt Nam.
Để hướng dẫn thực hiện Quyết định này, Bộ Tài Chính đã ban hành Thông tư số 97/2016/TT-BTC (Thông tư 97) hướng dẫn về hồ sơ, thủ tục miễn thuế TNCN với những trường hợp trên.
Theo đó, hồ sơ miễn thuế gồm: công hàm của cơ quan đại diện của tổ chức quốc tế thuộc hệ thống Liên hợp quốc tại Việt Nam, kèm theo danh sách nhân viên Việt Nam được miễn thuế TNCN (theo mẫu số 01/DSMT-LHQ ban hành kèm theo Thông tư 97); bản sao hợp đồng lao động. Hồ sơ miễn thuế được lập thành 2 bản.
Về thời hạn nộp hồ sơ, tổ chức, quốc tế thuộc hệ thống Liên hợp quốc tại Việt Nam mới thành lập văn phòng đại diện tại Việt Nam gửi hồ sơ miễn thuế trong vòng 30 ngày kể từ ngày người đứng đầu của tổ chức này trình Ủy nhiệm thư lên đại diện có thẩm quyền của người Việt Nam .
Tổ chức quốc tế thuộc hệ thống Liên hợp quốc tại Việt Nam đã có văn phòng đại diện tại Việt Nam trước ngày Thông tư 97 có hiệu lực thi hành chưa gửi hồ sơ miễn thuế TNCN thì gửi hồ sơ miễn thuế TNCN theo hướng dẫn tại Thông tư này trong vòng 30 ngày kể từ ngày Thông tư có hiệu lực.
Trường hợp cơ quan đại diện của tổ chức quốc tế thuộc hệ thống Liên hợp quốc tại Việt Nam tuyển dụng mới hoặc chấm dứt hợp đồng lao động đối với nhân viên Việt Nam thì gửi hồ sơ miễn thuế đối với nhân viên Việt Nam có thay đổi chậm nhất là 20 ngày của tháng tiếp theo liền kề có phát sinh thay đổi.
Cơ quan đại diện của tổ chức quốc tế thuộc hệ thống Liên hợp quốc tại Việt Nam gửi hồ sơ miễn thuế đến Bộ Ngoại giao (Cục Lễ tân Nhà nước).
Cơ quan này có trách nhiệm kiểm tra, xác nhận và gửi danh sách nhân viên Việt Nam được miễn thuế TNCN đến Cục thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi đặt văn phòng cơ quan đại diện của tổ chức quốc tế thuộc hệ thống Liên hợp quốc tại Việt Nam để hoàn thành thủ tục miễn thuế, trong vòng 5 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ miễn thuế.
